"설립 첫해는 어차피 적자라 신고만 하면 되는 것 아닌가요?" 일본 자회사를 막 세운 한국 본사에서 자주 듣는 말입니다. 그런데 일본에서는 첫해 적자를 다음 해 이익과 상계할 수 있느냐가 청색신고 승인 여부에 크게 좌우됩니다. 첫해에 큰 초기 비용을 쓰고 2~3년 차에 흑자로 돌아서는 일반적인 진출 패턴이라면, 신청서 한 장을 늦게 낸 결과가 수년 뒤 법인세 부담으로 나타납니다.

청색신고는 "세금 혜택을 받는 대신 정해진 방식으로 장부를 쓰겠다"고 세무서장에게 승인을 받는 제도입니다. 신청 기한, 장부 요건, 승인 취소 사유가 모두 법률에 적혀 있으므로 설립 일정표에 처음부터 넣어 두는 것이 가장 확실합니다.

안내사항

본 글은 해외 진출과 관련한 일반 정보 제공을 목적으로 작성되었습니다. 세무·법률 자문이 아니며, 진출 국가, 거래 구조, 소득 종류, 적용 연도 등에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 실제 의사결정 전에는 회계사, 세무사, 변호사 등 전문가와 개별 사실관계를 확인하시기 바랍니다.

AI 활용 및 투명성 안내

이 글은 AI 도구의 도움을 받아 초안을 작성했습니다. 일본 법인세법(昭和四十年法律第三十四号) 제57조·제58조·제66조·제74조·제80조·제121조~제123조·제125조~제128조·제146조와 법인세법 시행규칙(昭和四十年大蔵省令第十二号) 제26조의3·제53조·제54조·제59조는 일본 정부 법령 데이터베이스(e-Gov 법령 API) 현행 본문과, 신청 기한·제출 방법은 일본 국세청 수속 안내 「C1-19 青色申告書の承認の申請」·「C1-4 内国普通法人等の設立の届出」과 대조했습니다(2026-10-14 조회). 기한의 날짜 계산 예시는 조문 구조를 설명하기 위한 것이며, 실제 제출일은 관할 세무서 안내로 확인하시기 바랍니다.

핵심 요약

• 원칙 기한: 청색신고를 하려는 사업연도 개시일의 전날까지 신청서를 관할 세무서장에게 제출합니다(제122조 제1항).

• 신설 법인 기한: 설립일이 속한 사업연도는 설립일 이후 3개월을 경과한 날과 그 사업연도 종료일 중 이른 날의 전날까지입니다(제122조 제2항 제1호).

• 첫 사업연도가 3개월 미만이면 그다음 사업연도도 설립일 기준 3개월 규칙으로 기한을 정합니다(같은 항 제4호).

• 승인 간주: 사업연도 종료일(중간신고 대상 법인은 개시일 이후 6개월 경과일)까지 승인·각하 처분이 없으면 승인된 것으로 봅니다(제125조).

• 결손금과 연결: 결손금은 10년 이월되지만, 청색신고를 하지 않은 사업연도의 결손금은 재해손실 부분만 남습니다(제57조·제58조).

• 장부: 청색신고 법인은 복식부기로 기록하고 장부를 원칙 7년, 결손금 발생 연도 장부는 10년 보존합니다(시행규칙 제53조·제59조·제26조의3).

Q&A

Q1. 일본 청색신고 신청, 신규 법인은 무엇이 다른가요?

청색신고(青色申告)는 법인세법 제121조에 근거합니다. 납세지 관할 세무서장의 승인을 받은 내국법인은 중간신고서와 확정신고서를 청색 신고서로 제출할 수 있습니다. 승인은 자동으로 주어지지 않고, 법인이 신청서를 내야 시작됩니다.

신규 법인에게 중요한 이유는 "원칙 기한"을 지킬 수 없다는 데 있습니다. 원칙은 청색신고를 하려는 사업연도 개시일의 전날까지 신청하는 것인데(제122조 제1항), 설립 첫 사업연도는 개시일이 곧 설립일이라 그 전날에 신청할 수가 없습니다. 그래서 제122조 제2항이 신설 법인을 위한 별도 기한을 둡니다.

일본 국세청 수속 안내도 같은 구조로 정리하면서, 외국법인(한국 본사가 직접 일본에 지점을 내는 경우)은 제146조에 따라 제출하라고 안내합니다. 즉 일본 자회사(내국법인)는 제122조, 한국 법인의 일본 지점은 제146조를 봅니다. 제출은 e-Tax 소프트웨어로 하고, 서면으로 낼 때는 1부를 관할 세무서에 지참하거나 송부합니다.

Q2. 청색신고 신청 기한, 설립 후 3개월은 어떻게 계산하나요?

제122조 제2항 제1호의 문구는 "설립일 이후 3개월을 경과한 날과 그 사업연도 종료일 중 이른 날의 전날"입니다. 두 날짜를 비교한다는 점이 핵심입니다.

실무에서 주의할 지점은 두 번째 행입니다. 예를 들어 결산월에 가까운 시점에 법인을 세우면 첫 사업연도가 몇 주 만에 끝나고, 신청 기한도 그만큼 짧아집니다. 이 경우 첫 사업연도를 놓치더라도 제4호가 두 번째 사업연도에 설립일 기준 3개월 규칙을 다시 열어 주기 때문에, 두 번째 사업연도부터라도 청색신고를 받을 길이 남습니다.

법인 설립 신고(法人設立届出書)는 설립등기일 이후 2개월 이내가 기한입니다. 두 서류 모두 e-Tax로 낼 수 있으므로, 설립 신고와 청색신고 신청서를 같은 날 내는 일정으로 잡으면 청색신고 기한(3개월 기준)을 놓칠 위험이 줄어듭니다.

Q3. 승인 통지를 못 받았는데 첫 신고를 청색으로 해도 되나요?

신청 후 세무서가 따로 승인 통지를 보내지 않는 경우가 있어 불안해하는 분이 많습니다. 제125조 제1항은 신청서를 낸 뒤 그 사업연도 종료일까지 승인 또는 각하 처분이 없으면 그날 승인이 있었던 것으로 봅니다. 중간신고서를 내야 하는 법인은 기준일이 사업연도 개시일 이후 6개월을 경과하는 날로 앞당겨집니다.

반대로 세무서장이 신청을 각하할 수 있는 경우도 법률에 정해져 있습니다(제123조).

• 해당 사업연도의 장부 비치·기록·보존이 재무성령 기준(제126조 제1항)에 맞지 않는 경우

• 장부에 거래를 은폐·가장해 기재하는 등 사실과 다른 기재가 있다고 볼 상당한 이유가 있는 경우

• 승인 취소 통지를 받았거나 청색신고 중단(取りやめ) 신고서를 낸 날부터 1년 이내에 다시 신청한 경우

즉 신청서만 내고 장부를 제대로 갖추지 않으면 각하될 수 있고, 한 번 취소되면 1년간은 다시 신청해도 받아들여지지 않을 수 있습니다.

Q4. 청색신고와 결손금 이월, 장부 요건은 어떻게 연결되나요?

일본 법인세법 제57조 제1항은 각 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도의 결손금을 손금에 산입하도록 합니다. 공제한도(원칙적으로 소득의 100분의 50, 자본금 1억 엔 이하 "중소법인등"은 전액)와 모회사 규모에 따른 중소법인 판정, 한국 결손금 제도와의 차이는 「한국 일본 결손금 이월 비교」 글에서 따로 다뤘으므로, 여기서는 청색신고와 맞물리는 지점만 봅니다.

청색신고와의 연결 고리는 두 곳에 있습니다.

1. 제58조: 청색신고서를 제출하는 사업연도가 아닌 해에 생긴 결손금은 재고자산·고정자산 등의 재해손실 부분을 넘는 금액은 없는 것으로 봅니다. 청색 승인이 없던 첫해의 일반 영업 적자는 이월할 수 없게 됩니다.

2. 제57조 제10항: 결손금이 생긴 사업연도에 확정신고서를 제출하고, 그 후 연속해서 확정신고서를 제출하며, 결손 사업연도의 장부를 보존해야 이월공제를 적용합니다.

장부 보존 기간도 따로 있습니다. 청색신고 법인은 장부와 결산서류, 거래서류를 기산일부터 7년간 보존해야 하고(시행규칙 제59조), 결손금 이월공제를 받으려면 결손금이 생긴 사업연도의 장부를 10년간 보존해야 합니다(시행규칙 제26조의3). 또 청색신고서를 제출하는 사업연도의 결손금은 일정 요건에서 전년도 법인세 환급(繰戻し還付)의 대상이 될 수도 있습니다(제80조). 다만 적용 법인 범위는 별도 특례 규정에 따라 제한되므로 신청 전에 확인해야 합니다.

Q5. 청색신고 장부는 어떻게 써야 하고, 언제 승인이 취소되나요?

시행규칙 제53조는 청색신고 법인이 자산·부채·자본에 영향을 주는 모든 거래를 복식부기 원칙에 따라 정연하고 명료하게 기록하고 그 기록을 바탕으로 결산하도록 합니다. 제54조는 모든 거래를 차변·대변으로 나누는 분개장(仕訳帳)과 계정과목별로 정리하는 총계정원장(総勘定元帳)을 갖추도록 합니다. 한국 본사가 쓰는 ERP의 일본 법인 원장을 그대로 쓰더라도, 이 두 장부를 일본 세무서가 요구할 때 출력할 수 있어야 합니다.

승인 취소 사유는 제127조 제1항에 열거되어 있습니다.

• 장부 비치·기록·보존이 재무성령 기준에 맞지 않는 경우

• 장부에 대한 세무서장의 지시에 따르지 않은 경우

• 장부에 거래를 은폐·가장해 기재하는 등 진실성을 의심할 상당한 이유가 있는 경우

• 확정신고서(제74조 제1항)를 제출기한까지 내지 않은 경우

일본 확정신고 기한은 원칙적으로 사업연도 종료일 다음 날부터 2개월 이내입니다(제74조 제1항). 한국 본사의 연결결산 일정에 맞추다 일본 신고가 늦어지면, 그 자체가 청색 승인 취소 사유가 될 수 있다는 점을 기억해야 합니다. 취소되면 해당 사업연도까지 거슬러 올라가 청색신고서가 아닌 신고서로 보게 됩니다.

가정 사례

(가정) 한국 소프트웨어 기업 A사가 일본에 100% 자회사 A Japan을 세웠습니다. 사업연도는 4월 1일~3월 31일입니다.

• 사례 ①: 4월 초에 설립했다면 첫 사업연도가 1년 가까이 이어지므로, 비교 대상 중 "설립 후 3개월 경과일"이 먼저 옵니다. 신청 기한은 그날의 전날, 즉 설립 후 대략 3개월 무렵입니다. 이 기간 안에 설립 신고(2개월 이내)와 함께 청색신고 신청서를 내면 첫해부터 청색신고가 됩니다.

• 사례 ②: 3월 초에 설립했다면 첫 사업연도가 3월 31일에 끝나 3개월이 안 됩니다. 첫 사업연도의 기한은 사업연도 종료일의 전날이라 사실상 몇 주밖에 없습니다. 이를 놓쳐도 제122조 제2항 제4호에 따라 두 번째 사업연도는 설립일 기준 3개월 경과일과 두 번째 사업연도 종료일 중 이른 날의 전날까지 신청할 수 있습니다.

• 사례 ②에서 첫 사업연도에 초기 비용으로 결손이 났는데 청색신고 승인이 없었다면, 그 결손금은 재해손실이 아닌 한 이월되지 않습니다(제58조). 짧은 첫 사업연도에 큰 비용을 몰아 쓰는 일정이라면 설립일 자체를 조정하거나 신청서를 등기 직후에 내는 방안을 검토할 가치가 있습니다.

실무 체크포인트

1. 일본 법인 등기일이 확정되면 청색신고 기한(설립 후 3개월 기준과 사업연도 종료일 비교)을 달력에 먼저 표시

2. 법인 설립 신고(2개월 이내)와 청색신고 신청서를 같은 날 제출하는 일정으로 묶기

3. e-Tax 이용자식별번호를 미리 받아 두고 제출 기록(수신 통지)을 보관

4. 첫 사업연도가 3개월 미만이면 두 번째 사업연도 기한을 별도로 계산

5. 분개장·총계정원장을 일본 법인 단위로 출력할 수 있는지 회계 시스템 점검

6. 장부 보존 7년, 결손 연도 장부 10년 보존 규칙을 문서관리 규정에 반영

7. 확정신고 기한(종료 후 2개월) 준수 체계를 본사 연결결산 일정과 분리해 운영

대표님/CFO가 특히 주의할 부분

• 청색신고 승인은 설립 후에 다시 챙기기 어려운 서류입니다. 놓친 해의 일반 결손금은 되살릴 방법이 사실상 없습니다.

• 승인 통지가 오지 않았다고 미신청으로 오해하지 마세요. 제125조의 승인 간주 규정이 있습니다. 대신 신청서 제출 증빙은 반드시 보관해야 합니다.

• 확정신고서를 기한 내 내지 않으면 승인 취소 사유가 됩니다. 본사 감사 일정 때문에 일본 신고를 늦추는 일이 없어야 합니다.

결론 및 전문가 Tip

일본 청색신고 신청은 "설립 직후 3개월"이라는 짧은 창구 안에 들어 있습니다. 이 창구를 놓치면 첫해 적자가 이월되지 않아, 2~3년 차에 흑자가 나도 처음부터 법인세를 내게 됩니다. 등기 일정이 잡히면 ① 신청 기한 계산, ② 설립 신고와 동시 제출, ③ 복식부기 장부와 보존 체계, 이 세 가지를 설립 체크리스트 맨 위에 두시기 바랍니다. 결손금 공제 한도와 중소법인 판정은 일본 자회사 지분 구조와 연결되므로 함께 검토하는 것이 효율적입니다.

창의회계법인 서비스 안내

창의회계법인은 일본 자회사 설립 일정이 정해지는 단계에서 청색신고 신청 기한과 첫 사업연도 길이를 함께 검토하고, 설립 신고와 동시에 제출할 서류 목록을 정리해 드립니다. 한국 본사의 연결결산 일정과 일본 확정신고 기한이 충돌하지 않도록 결산 달력을 맞추는 일도 지원합니다.

참고 출처 요약

• e-Gov 법령 API, 法人税法(昭和四十年法律第三十四号) 제57조·제58조·제66조·제74조·제80조·제121조·제122조·제123조·제125조·제126조·제127조·제128조·제146조 — https://laws.e-gov.go.jp/api/1/articles;lawNum=昭和四十年法律第三十四号;article=122 (조문 번호만 바꿔 조회, 2026-10-14 조회)

• e-Gov 법령 API, 法人税法施行規則(昭和四十年大蔵省令第十二号) 제26조의3·제53조·제54조·제59조 — https://laws.e-gov.go.jp/api/1/articles;lawNum=昭和四十年大蔵省令第十二号;article=59 (2026-10-14 조회)

• 일본 국세청, 「C1-19 青色申告書の承認の申請」 — https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/hojin/annai/1554_14.htm (2026-10-14 조회)

• 일본 국세청, 「C1-4 内国普通法人等の設立の届出」 — https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/hojin/annai/1554_2.htm (2026-10-14 조회)

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