"일본 지점은 한국 본사의 일부니까 한국에서만 신고하면 되지 않나요?", "일본 지점 이익을 계산할 때 서울 본사 인건비도 빼 줄까요?" 일본에 지점을 낸 한국 기업의 재무팀이 첫해 결산에서 마주하는 질문입니다.

지점 과세의 핵심은 같은 회사 안에서 이익을 나누는 일입니다. 자회사라면 계약서와 송장이 이익을 나눠 주지만, 지점은 본사와 계약을 맺을 수 없으니 세법이 정한 방식으로 "지점 몫"을 계산해야 합니다. 이 계산이 일본 신고와 한국 외국납부세액공제로 이어집니다.

안내사항

본 글은 해외 진출과 관련한 일반 정보 제공을 목적으로 작성되었습니다. 세무·법률 자문이 아니며, 진출 국가, 거래 구조, 소득 종류, 적용 연도 등에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 실제 의사결정 전에는 회계사, 세무사, 변호사 등 전문가와 개별 사실관계를 확인하시기 바랍니다.

AI 활용 및 투명성 안내

이 글은 AI 도구의 도움을 받아 초안을 작성했습니다. 한일 조세조약 제5조·제7조·제23조는 일본 재무성이 공개한 MLI 통합본(Synthesised Text)과 국가법령정보센터 조약 국문본과, MLI 적용 범위는 일본 재무성 「Application of the MLI to the Tax Treaty between Japan and Korea」와, 일본 법인세법(昭和四十年法律第三十四号) 제138조·제139조·제141조·제142조·제144조의3·제144조의6·제146조·제146조의2·제149조는 e-Gov 법령 API 현행 본문과, 신고 수속은 일본 국세청 「C1-5 外国普通法人となった旨の届出」과 대조했습니다(2026-10-14 조회). 한국 「법인세법」 제4조·제57조는 국가법령정보센터 현행 본문(이전 조회분 재사용)을 인용했습니다. 이익 금액은 구조 설명을 위한 가정입니다.

핵심 요약

• 과세 범위: 한일 조약 제7조 제1항상 일본은 한국 기업 이윤 중 일본 PE에 귀속시킬 수 있는 부분에 대하여만 과세합니다. 지점(branch)은 제5조 제2항의 PE 예시에 들어 있습니다.

• 귀속 방식: 제7조 제2항은 PE를 독립된 별개 기업으로 가정해 이익을 귀속시키고, 제3항은 경영비·일반관리비를 포함해 PE를 위해 생긴 비용은 발생 장소와 관계없이 공제를 허용합니다.

• 일본 국내법: 법인세법 제138조 제1항 제1호는 PE의 기능·자산·내부거래를 고려한 "恒久的施設帰属所得"을 과세 대상으로 정합니다. 다만 제139조 제2항에 따라 한일 조약처럼 내부거래 소득 규정이 없는 조약이 적용되면 본지점 간 이자 지급 등은 내부거래에서 빠집니다.

• MLI 영향: 한일 조약에 적용되는 MLI 조항 목록에 PE·사업이윤 조문은 없습니다.

• 신고 연결: PE를 갖게 된 날부터 2개월 이내 외국보통법인 신고, 사업연도 종료 후 2개월 이내 확정신고, 한국에서는 지점 소득을 포함해 신고하고 일본 법인세를 외국납부세액공제(초과분 10년 이월)로 조정합니다.

Q&A

Q1. 일본 지점 사업소득 과세, PE 판단은 어디서 시작하나요?

한일 조약 제5조 제1항은 고정사업장을 "기업의 사업이 전부 또는 일부 수행되는 고정된 사업장소"로 정의하고, 제2항에서 관리장소·지점(branch)·사무소·공장 등을 예시로 듭니다. 등기한 일본 지점에서 영업을 한다면 PE 판단은 사실상 출발점이 아니라 전제가 됩니다.

다만 지점이라는 이름이 붙어도 그 장소에서 하는 일이 제4항의 활동(재화의 보관·전시·인도, 구매·정보수집, 예비적·보조적 성격의 활동)에만 머물면 PE에서 제외될 여지가 있습니다. 반대로 등기한 지점이 없어도 건설·설치 프로젝트가 6개월을 넘게 계속되면 PE가 됩니다(제5조 제3항). 따라서 일본 지점의 세무는 "어떤 활동을 일본에서 하느냐"를 정리하는 것에서 시작합니다.

일본 재무성 자료에 따르면 한일 조약(1998년 10월 8일 서명, 1999년 11월 22일 발효)에 적용되는 MLI 조항은 전문(제6조 제1항), 주요목적 기준(제7조 제1항), 상호합의 신청(제16조 제1항 첫 문장), 대응조정(제17조 제1항)입니다. PE 정의를 바꾸는 MLI 조항은 이 목록에 없으므로 제5조·제7조는 원래 문구로 읽으면 됩니다.

Q2. 지점 귀속 이익은 한일 조약 제7조에서 어떻게 정해지나요?

제7조의 구조는 다음과 같습니다.

여기서 대표님들이 가장 많이 놓치는 것은 제3항의 반대 방향입니다. 본사 비용을 지점에 배분할 수 있다는 것은, 반대로 지점이 본사 기능(개발·마케팅)의 혜택을 받는 만큼 지점 이익이 줄어들 수 있다는 뜻입니다.

Q3. 일본 국내법은 지점 귀속 이익(恒久的施設帰属所得)을 어떻게 계산하나요?

일본 법인세법 제138조 제1항 제1호는 PE가 외국법인과 독립된 사업자라면 그 PE가 수행하는 기능, 사용하는 자산, 본점 등과의 내부거래 등을 고려해 PE에 귀속되어야 할 소득을 국내원천소득으로 봅니다. 같은 조 제2항은 PE와 본점 사이의 자산 이전·용역 제공 등을 독립 사업자 사이였다면 거래로 인정되었을 경우 "내부거래(内部取引)"로 정의합니다.

그런데 조약이 다르게 정하면 조약이 우선합니다(제139조 제1항). 특히 제139조 제2항은 PE 소득 과세를 인정하면서도 내부거래에서 소득이 생긴다는 규정이 없는 조약이 적용되는 경우, 본지점 간 이자 지급에 상당하는 사실(일정 금융기관 제외) 등은 내부거래에 포함하지 않는다고 정합니다. 한일 조약 제7조에는 내부거래에서 소득이 생긴다는 별도 문구가 없으므로, 지점이 본사에 "내부 이자"를 계상해 비용을 늘리는 방식은 일본에서 그대로 인정되기 어렵다고 보고 준비하는 것이 안전합니다.

비용 쪽은 제142조가 정합니다. 귀속소득 금액은 PE를 통해 하는 사업의 익금에서 손금을 뺀 금액이고(제1항), PE 사업과 그 밖의 사업에 공통되는 판매비·일반관리비는 정령이 정하는 바에 따라 배분한 금액을 포함합니다(제3항 제2호). 또 본점이 PE를 개설하려고 보내는 자금이나 PE가 본점에 보내는 잉여금 송금은 자본등거래로 봅니다(제3항 제3호).

Q4. 지점 이익 귀속, 어떤 자료를 만들어 두어야 하나요?

일본 법인세법 제146조의2는 PE를 가진 외국법인에게 두 종류의 문서를 요구합니다.

1. 제3자와의 거래 중 PE에 귀속되는 거래의 명세를 적은 서류(제1항)

2. 본점 등과 PE 사이의 내부거래에 해당하는 사실의 명세를 적은 서류(제2항)

실무적으로는 다음 자료를 매 사업연도 남겨 두면 위 두 서류와 제7조 제3항의 비용 공제 근거를 함께 충족하기 쉽습니다.

• 일본 지점 인력의 직무와 권한(계약 체결·가격 결정을 누가 하는지)

• 지점이 쓰는 자산 목록(사무실, 재고, 서버, 무형자산 사용 여부)

• 본사 공통비 배분 기준(매출·인원·시간 등)과 그 기준을 고른 이유

• 본사 ↔ 지점 간 자산 이전·용역 제공 기록

제7조 제6항이 "매년 같은 방법"을 요구하므로, 첫해에 정한 배분 기준이 이후 몇 년을 묶는다는 점도 염두에 두어야 합니다.

Q5. 일본 지점 세무 신고, 일본과 한국 신고는 어떻게 연결되나요?

일본 쪽 일정

• 외국보통법인 신고(外国普通法人となった旨の届出): PE를 갖게 된 날 이후 2개월 이내, 정관 등의 일본어 번역문을 첨부해 납세지 관할 세무서장에게 제출합니다(제149조, 국세청 C1-5 안내).

• 청색신고 승인신청: 제146조가 내국법인 청색신고 규정을 준용하면서 신설 법인 기한의 기준일을 "PE를 갖게 된 날"로 바꿔 읽습니다.

• 중간신고: 사업연도가 6개월을 넘으면 개시 후 6개월 경과일부터 2개월 이내(제144조의3, 첫 사업연도는 제외, 전기 기준 금액이 10만 엔 이하이면 면제).

• 확정신고: 사업연도 종료일 다음 날부터 2개월 이내, PE 귀속소득과 그 밖의 국내원천소득을 구분해 기재합니다(제144조의6 제1항). 소득 전부가 조약 등으로 비과세되면 제출하지 않아도 됩니다(같은 항 단서).

한국 쪽 연결 「법인세법」 제4조는 외국법인에는 '국내원천소득'만 과세하지만 내국법인에는 국내·국외를 가리지 않고 '각 사업연도의 소득'에 과세하므로, 일본 지점 이익도 한국 본사 신고에 들어갑니다. 일본에 낸 법인세는 한일 조약 제23조와 「법인세법」 제57조에 따라 공제한도 안에서 외국납부세액공제를 받고, 한도를 넘는 금액은 다음 사업연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 사업연도로 이월할 수 있습니다. 일본에서 귀속이익을 줄이는 결론이 나면 한국 쪽 공제액도 함께 바뀌므로, 양국 계산은 같은 배분 자료를 바탕으로 맞춰야 합니다.

가정 사례

(가정) 한국 제조기업 B사가 도쿄에 판매 지점을 두었습니다. 일본 고객과의 계약 협상·체결은 지점장이 하고, 제품은 한국에서 생산해 일본으로 보냅니다.

• PE: 지점이 계약을 체결하고 판매 활동을 하므로 제5조의 "지점"으로서 PE에 해당한다고 보는 것이 자연스럽습니다.

• 귀속 이익: 일본 매출 전체가 지점 이익이 되는 것은 아닙니다. 지점을 독립된 판매회사로 가정하면, 본사에서 제품을 사 와서 판매하는 회사가 벌 만한 이익이 지점 몫이 됩니다. 생산 기능의 대가는 한국 본사에 남습니다.

• 비용: 서울 본사가 만든 일본 시장용 광고 소재 비용 중 지점 목적 부분은 제7조 제3항에 따라 지점 비용 공제를 검토할 수 있습니다.

• 내부 이자: 본사가 지점에 운영자금을 보내고 내부 이자를 붙였다면, 그 송금은 자본등거래로 보고(제142조 제3항 제3호) 내부 이자는 제139조 제2항 때문에 일본 손금으로 인정받기 어렵다는 전제로 계획을 세웁니다.

실무 체크포인트

1. 일본 지점 인력의 실제 활동이 예비적·보조적 범위를 넘는지 직무 기술서로 정리

2. PE 개설일을 확정하고 외국보통법인 신고(2개월 이내)와 청색신고 신청 기한을 함께 계산

3. 지점 귀속 이익 계산 방법(기능·자산 분석, 공통비 배분 기준)을 첫 결산 전에 문서화

4. 본지점 간 자금 이동은 자본등거래로 기록하고 내부 이자 계상 여부를 검토

5. 제146조의2 서류(PE 귀속 거래 명세, 내부거래 명세)를 사업연도마다 작성

6. 일본 확정신고(종료 후 2개월)와 한국 법인세 신고 일정을 하나의 달력으로 관리

대표님/CFO가 특히 주의할 부분

• 지점은 법적으로 본사와 같은 회사지만 세무상으로는 독립 기업처럼 이익을 나눕니다.

• 한일 조약은 내부거래 소득을 따로 인정하는 문구가 없습니다. 본지점 간 내부 이자로 지점 이익을 줄이는 설계는 일본 국내법(제139조 제2항) 때문에 기대한 효과가 나지 않을 수 있습니다.

• 지점 이익 배분 방법은 해마다 바꾸기 어렵습니다(제7조 제6항). 첫해 기준을 신중히 정해야 합니다.

결론 및 전문가 Tip

일본 지점 과세는 "지점이 PE인가"보다 "지점 몫이 얼마인가"에서 승부가 납니다. 한일 조약 제7조는 독립기업 가정과 본사 비용 공제를 허용하고, 일본 국내법은 기능·자산·내부거래를 따져 귀속소득을 계산하되 한일 조약처럼 오래된 문구의 조약에는 내부 이자 등을 빼도록 정해 두었습니다. 지점을 열기 전에 ① 지점의 기능 정의, ② 공통비 배분 기준, ③ 일본·한국 신고 달력, 이 세 가지를 먼저 정리하면 첫 결산에서 생기는 대부분의 다툼을 줄일 수 있습니다.

창의회계법인 서비스 안내

창의회계법인은 일본 지점을 준비하는 기업의 지점 기능과 인력 구성을 검토해 PE 귀속 이익 계산 방법과 본사 공통비 배분 기준을 설계하고, 일본 신고 결과가 한국 외국납부세액공제로 정확히 이어지도록 양국 신고 자료를 연결해 드립니다.

참고 출처 요약

• 일본 재무성, Synthesised Text of the MLI and the Convention between Japan and the Republic of Korea(제5조·제7조) — https://www.mof.go.jp/tax_policy/summary/international/tax_convention/SynthesizedTextforJapan_Korea_EN.pdf (2026-10-14 조회, 이전 수집본 재사용)

• 일본 재무성, Application of the MLI to the Tax Treaty between Japan and Korea — https://www.mof.go.jp/english/policy/tax_policy/tax_conventions/mli_kor.htm (2026-10-14 조회, 이전 수집본 재사용)

• 국가법령정보센터, 대한민국과 일본국간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약 제7조·제23조 — https://www.law.go.kr/LSW/trtyInfoR.do?trtySeq=1127 (2026-10-14 조회, 이전 수집본 재사용)

• e-Gov 법령 API, 法人税法(昭和四十年法律第三十四号) 제138조·제139조·제141조·제142조·제144조의3·제144조의6·제146조·제146조의2·제149조 — https://laws.e-gov.go.jp/api/1/articles;lawNum=昭和四十年法律第三十四号;article=138 (조문 번호만 바꿔 조회, 2026-10-14 조회)

• 일본 국세청, 「C1-5 外国普通法人となった旨の届出」 — https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/hojin/annai/1554_3.htm (2026-10-14 조회)

• 국가법령정보센터, 「법인세법」 제4조·제57조 — https://www.law.go.kr/법령/법인세법/제57조 (이전 조회분 재사용)

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