[조세조약] 한일 조세조약 근로소득, 일본 파견 직원은 183일·급여 부담자로 과세국이 갈린다

작성자 svalueup
작성일 2026.10.22 13:18

조회 8

"다음 분기에 개발팀장을 도쿄에 석 달 보내려는데, 일본에서 월급에 세금이 붙나요?", "일본 자회사로 2년 파견하면 한국 급여는 어떻게 처리하죠?" 일본 진출 초기 기업에서 인사팀과 재무팀이 함께 묻는 질문입니다.

결론부터 말하면 답은 기간 하나로 정해지지 않습니다. 한일 조세조약은 체류일수뿐 아니라 "누가 급여를 주는가", "일본에 있는 사업장이 그 비용을 떠안는가"까지 함께 봅니다. 출장 일정표만 보고 판단하면, 급여를 일본 자회사에 재청구하는 순간 결론이 뒤집힐 수 있습니다.

안내사항

본 글은 해외 진출과 관련한 일반 정보 제공을 목적으로 작성되었습니다. 세무·법률 자문이 아니며, 진출 국가, 거래 구조, 소득 종류, 적용 연도 등에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 실제 의사결정 전에는 회계사, 세무사, 변호사 등 전문가와 개별 사실관계를 확인하시기 바랍니다.

AI 활용 및 투명성 안내

이 글은 AI 도구의 도움을 받아 초안을 작성했습니다. 조약 문구는 국가법령정보센터에 게시된 한일 조세조약 국문 본문과 일본 재무성이 공개한 한일 조약·BEPS 다자협약(MLI) 통합본(Synthesised Text)을, 일본 국내 취급은 일본 국세청 タックスアンサー(No.2875·2875 별지·2878·2884·2885·2888, 令和8年4月1日現在法令等)를, 한국 규정은 「소득세법」 제1조의2·제57조와 같은 법 시행령 제2조·제3조·제16조 현행 본문을 대조했습니다(일본 국세청 안내와 한국 법령은 2026-10-22 조회, 조약 본문은 기존 수집 원문을 같은 날 재대조). 가정 사례의 기간과 금액은 설명을 위한 예시입니다.

핵심 요약

원칙(제15조 제1항): 한국 거주자의 급여는 한국에서만 과세하지만, 일본에서 근무한 부분은 일본도 과세할 수 있습니다.
단기체재 면제(제15조 제2항): ① 해당 역년(1~12월) 중 체류 합계 183일 이하, ② 일본 거주자가 아닌 고용주가 지급, ③ 일본 내 고용주의 고정사업장이 부담하지 않음 — 세 조건을 모두 채워야 일본 과세가 면제됩니다.
일본 국내법: 비거주자의 일본 근무 급여는 국내원천소득이며, 일본에서 지급되면 원칙적으로 20.42%로 원천징수됩니다. 조약 면제를 받으려면 첫 지급일 전날까지 「租税条約に関する届出書」를 지급자를 통해 냅니다.
한국 쪽: 국외사업장이나 100% 출자 해외현지법인에 파견된 임직원은 한국 거주자로 봅니다. 일본에 낸 세금은 「소득세법」 제57조로 공제하고, 국외근로 보수는 월 100만원 이내 비과세가 있습니다.

Q&A

Q1. 한일 조세조약 근로소득, 근무지가 과세권을 정하는 원칙은 무엇인가요?

한일 조약 제15조 제1항은 "일방체약국의 거주자가 고용과 관련하여 취득하는 급료·임금 및 기타 유사한 보수에 대하여는 그 고용이 타방체약국에서 수행되지 아니하는 한 동 일방체약국에서만 과세한다"고 정합니다. 바꿔 말하면 급여를 어디서 받았는지가 아니라 어디서 일했는지가 기준입니다.

그래서 같은 연봉이라도 나눠서 봐야 합니다. 한국에서 일한 날의 급여는 한국만 과세하고, 일본에서 일한 날의 급여는 일본도 과세할 수 있습니다. 일본 국세청도 국내원천소득 범위에 "国内において行う勤務、人的役務の提供に基因するもの"인 급여를 넣고 있어, 일본 국내법과 조약의 출발점이 같습니다.

다만 이사 보수는 다른 조문입니다. 제16조는 일본 법인의 이사회 구성원 자격으로 받는 보수를 그 법인 소재지국(일본)에서 과세할 수 있다고 정합니다. 일본 자회사 이사를 겸임하는 본사 임원이라면 급여와 이사 보수를 계약상 나눠 두어야 조문 적용이 명확해집니다.

Q2. 체류기간 183일, 어떤 기간으로 세나요?

제15조 제2항 가목은 "수취인이 당해 역년중 총 183일을 초과하지 아니하는 단일기간 또는 통산한 기간동안 타방체약국에 체류"할 것을 요구합니다. 실무에서 놓치기 쉬운 점은 세 가지입니다.

역년 기준입니다. "입국일부터 12개월"이 아니라 1월 1일~12월 31일 단위로 셉니다. 따라서 9월에 들어가 다음 해 4월에 나오는 파견은 해마다 따로 셉니다.
통산입니다. 여러 번 나눠 출장을 가도 같은 역년 안의 체류일은 합칩니다.
183일 "이하"여야 합니다. 183일을 넘는 순간 제2항 면제는 그 역년 전체에서 쓸 수 없습니다.

체류일수는 일본 거주자 판정과도 별개입니다. 일본 소득세법은 거주자를 "国内に「住所」を有し、または、現在まで引き続き1年以上「居所」を有する個人"으로 정하고, 일본 국세청 별지는 "継続して一年以上居住することを通常必要とする職業を有すること"이면 국내에 주소가 있는 것으로 추정한다고 안내합니다. 즉 1년 이상 파견 발령을 받고 일본에 들어가면 첫날부터 일본 거주자로 추정될 수 있고, 이때는 단기체재 면제가 아니라 조약 제4조의 이중거주자 판정 문제가 됩니다.

Q3. 보수 부담자, 일본 자회사가 급여를 재청구받으면 어떻게 되나요?

제15조 제2항 나목과 다목은 급여를 "타방체약국의 거주자가 아닌 고용주에 의하여 또는 그를 대신하여 지급"하고, "타방체약국안에 고용주가 가지고 있는 고정사업장 또는 고정시설에 의하여 부담되지 아니하는" 경우를 요구합니다.

한국 본사가 지급하고 본사가 비용 처리: 나목·다목 충족. 체류일수만 지키면 면제 가능.
일본 자회사가 직접 지급: 일본 법인은 일본 거주자이므로 나목 불충족. 체류가 짧아도 일본 과세.
본사가 지급하고 일본 자회사에 재청구(파견료·용역료): 형식상 지급자는 본사지만, 실질적으로 일본 쪽이 비용을 떠안는 구조가 되어 면제 판단이 흔들립니다. 계약서·인보이스에 급여 상당액이 들어가는지 미리 봐야 합니다.
본사의 일본 지점(고정사업장)이 비용 부담: 다목 불충족.

특히 일본 자회사 사무실을 본사 직원이 계속 쓰는 구조는 본사 자체의 고정사업장 문제로도 번질 수 있습니다. 이 부분은 같이 보면 좋은 글에서 따로 다뤘습니다.

Q4. 일본 원천징수 20.42%와 조약 신고서, 언제 무엇을 내나요?

일본 국세청은 비거주자에게 지급하는 "給与その他人的役務の提供に対する報酬、退職手当等：20.42パーセント"를 원천징수 세율로 안내합니다(令和8年4月1日現在). 또 이 세금은 "令和9年分以後は所得税、防衛特別所得税および復興特別所得税"로 구성이 바뀐다고 함께 적고 있어, 2027년분부터는 세목 구성이 달라진다는 점을 기억해 두면 좋습니다.

조약 면제를 받으려면 「租税条約に関する届出書」를 지급자별로 작성해 "最初にその所得の支払を受ける日の前日までに" 지급자를 통해 관할 세무서장에게 냅니다. 늦으면 지급자는 국내법 세율로 떼고, 직원은 나중에 「租税条約に関する源泉徴収税額の還付請求書（様式11）」로 차액 환급을 청구해야 합니다.

반대로 급여를 한국에서만 지급하는 경우에는 일본 국세청 설명대로 "国内源泉所得の支払が国外において行われる場合には、原則として源泉徴収の必要はありません"입니다. 다만 지급자가 일본에 사무소 등을 두고 있으면 일본 국내 지급으로 보아 원천징수해야 하므로, 일본 지점이 있는 회사는 이 예외를 따로 확인해야 합니다. 원천징수가 없다고 해서 일본 과세가 없어지는 것은 아니며, 면제 조건을 못 채웠다면 직원 본인의 일본 신고 문제가 남습니다.

Q5. 한국에서는 거주자 판정·국외근로 비과세·외국납부세액공제를 어떻게 연결하나요?

거주자 판정: 「소득세법」은 거주자를 "국내에 주소를 두거나 183일 이상의 거소(居所)를 둔 개인"으로 정하고, 시행령 제3조는 "내국법인의 국외사업장 또는 해외현지법인(내국법인이 발행주식총수 또는 출자지분의 100분의 100을 직접 또는 간접 출자한 경우에 한정한다) 등에 파견된 임원 또는 직원"을 거주자로 봅니다. 100% 일본 자회사로 파견된 직원은 국내법상 한국 거주자로 남는 셈입니다.
이중거주 조정: 일본도 거주자로 보면 조약 제4조 제2항이 ① 항구적 주거, ② 중대한 이해관계의 중심지, ③ 일상적 거소, ④ 국적 순서로 한쪽을 정합니다. 가족과 집을 일본으로 옮겼는지가 핵심 사실관계가 됩니다.
국외근로 비과세: 시행령 제16조는 국외에서 근로를 제공하고 받는 보수 중 월 100만원 이내(원양어업 선박·국외 건설현장 등은 월 500만원)를 비과세로 정하고, 그 대가를 국내에서 받는 경우도 포함합니다.
외국납부세액공제: 일본에서 낸 소득세는 「소득세법」 제57조의 공제한도 안에서 공제하고, 한도를 넘는 금액은 다음 과세기간 개시일부터 10년 이내로 이월할 수 있습니다. 조약 제23조 제1항도 일본 조세의 세액공제를 한국 세법 규정에 따라 허용합니다.

조약과 다른 과세를 받았다면 제25조에 따라 상호합의를 신청할 수 있고, 최초 통보일부터 3년 이내에 제기해야 합니다. MLI 통합본 기준으로는 어느 체약국의 권한 있는 당국에도 제기할 수 있습니다.

파견 유형	역년 체류	급여 지급·부담	일본 과세	한국 처리
단기 출장	183일 이하	한국 본사 지급·부담	면제(제15조②, 신고서 필요)	한국 과세
단기 출장 + 재청구	183일 이하	본사 지급, 일본 자회사에 재청구	면제 흔들림(부담자 검토)	한국 과세 + 일본 세액 공제
장기 출장	183일 초과	한국 본사	일본 근무분 과세	거주자면 공제(제57조)
자회사 파견	기간 무관	일본 자회사 지급	과세(비거주자면 20.42% 원천징수, 1년 이상 파견으로 일본 거주자이면 거주자 급여로 원천징수)	100% 자회사면 거주자 간주 → 조약 제4조 판정 후 공제
자회사 이사 겸임	기간 무관	일본 법인 이사 보수	과세 가능(제16조)	거주자면 공제

가정 사례

(가정) 한국 SaaS 기업 A사는 일본 100% 자회사 A재팬을 두고 있습니다.

사례 1: 개발팀장 B가 2026년 5월~7월 약 90일 도쿄에 출장합니다. 급여는 A사가 한국에서 지급하고 A재팬에 재청구하지 않습니다. 역년 183일 이하, 비거주자 고용주 지급, 일본 고정사업장 부담 없음 — 세 조건을 채우므로 일본 과세는 면제 대상입니다. 이 경우 B의 급여는 한국에서 평소처럼 과세됩니다.
사례 2: 같은 B를 2026년 9월부터 2년간 A재팬에 파견하고 A재팬이 급여를 지급합니다. 지급자가 일본 거주자이므로 체류일수와 관계없이 일본 과세 대상이고, 1년 이상 파견이어서 일본 거주자로 추정될 수 있습니다. 한국에서는 100% 자회사 파견이라 시행령 제3조로 거주자가 되므로, 가족과 주거 상황에 따라 조약 제4조로 최종 거주지국을 정하고, 한국 거주자로 남으면 일본 세금을 외국납부세액공제로 조정합니다.
사례 3: 사례 1에서 일정이 길어져 9월~12월에 다시 100일을 체류했다면 2026년 역년 체류는 190일이 됩니다. 183일을 넘었으므로 그해 일본 근무분 전체가 면제에서 빠집니다. 출장 연장 결재 단계에서 체류일수를 누적 관리해야 하는 이유입니다.

실무 체크포인트

출장·파견자별 역년 체류일수 누적표를 인사팀과 공유
급여 지급 법인과 비용 부담 법인(재청구 여부)을 계약서·인보이스로 확정
일본 자회사 이사 겸임자는 급여와 이사 보수를 분리
일본에서 지급되는 급여는 첫 지급 전날까지 조약 신고서 제출 여부 확인
1년 이상 파견은 일본 거주자 추정과 조약 제4조 이중거주 판정 자료(주거·가족) 정리
한국 연말정산·종합소득 신고에서 국외근로 비과세와 일본 납부세액 증빙 반영
조약과 다른 과세를 받으면 최초 통보일부터 3년 안에 상호합의 검토

대표님/CFO가 특히 주의할 부분

183일만 지키면 된다는 생각이 가장 위험합니다. 일본 자회사가 급여를 주거나 파견료로 재청구하면 일수와 무관하게 일본 과세가 됩니다.
파견 직원 비용을 일본 자회사로 넘기는 것은 이전가격·법인세 측면에서 필요할 수 있지만, 그 선택이 직원 개인의 일본 과세로 이어진다는 점을 인사 정책과 함께 설계해야 합니다.
일본 국내 원천징수 세율과 세목 구성은 개정이 예정돼 있으니(2027년분부터 방위특별소득세 포함), 급여 시스템 설정을 매년 점검해야 합니다.
한국에서 공제받을 일본 세금 증빙(원천징수표 등)은 파견이 끝난 뒤에는 받기 어려우니 파견 중에 확보합니다.

결론 및 전문가 Tip

한일 조세조약의 근로소득 조문은 짧지만, 출장 일정·급여 지급 법인·비용 재청구라는 세 가지 경영 결정이 그대로 세금 결과가 됩니다. 일본 파견을 검토한다면 ① 역년 체류일수, ② 급여 지급자와 부담자, ③ 한국 거주자 유지 여부를 한 장에 정리한 뒤 발령을 내는 것이 가장 비용이 적게 듭니다. 장기 파견이라면 일본 거주자 추정과 조약상 이중거주 판정까지 미리 검토해 두십시오.

창의회계법인 서비스 안내

창의회계법인은 일본 출장·파견 인력을 운영하는 기업을 위해 직원별 체류일수와 급여 부담 구조를 점검하고, 한일 조약 제15조 면제 가능 여부, 일본 조약 신고서 준비, 한국 연말정산의 국외근로 비과세·외국납부세액공제 반영까지 한 번에 정리해 드립니다. 일본 자회사와의 파견료 재청구 계약을 설계할 때 이전가격과 직원 과세를 함께 검토해 드립니다.

참고 출처 요약

국가법령정보센터, 「대한민국과 일본국간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약」 제4조·제15조·제16조·제23조·제25조 — https://www.law.go.kr/LSW/trtyInfoR.do?trtySeq=1127 (2026-10-22 조회)
일본 재무성, Synthesised Text of the MLI and the Convention between Japan and the Republic of Korea — https://www.mof.go.jp/tax_policy/summary/international/tax_convention/SynthesizedTextforJapan_Korea_EN.pdf (2026-10-22 조회)
일본 국세청 タックスアンサー No.2875 居住者と非居住者の区分 및 별지 住所の推定 — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2875.htm , https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2875-1.htm (2026-10-22 조회)
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일본 국세청 タックスアンサー No.2884 非居住者等に対する源泉徴収・源泉徴収の税率 — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2884.htm (2026-10-22 조회)
일본 국세청 タックスアンサー No.2885 非居住者等に対する源泉徴収のしくみ — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2885.htm (2026-10-22 조회)
일본 국세청 タックスアンサー No.2888 租税条約に関する届出書の提出 — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2888.htm (2026-10-22 조회)
국가법령정보센터, 「소득세법」 제1조의2·제57조, 「소득세법 시행령」 제2조·제3조·제16조 현행 본문 — https://www.law.go.kr (2026-10-22 조회)