"일본 법인이 3년째 적자인데, 내년에 흑자 나면 그 적자로 세금 상계되는 거죠?" 한국 본사 재무팀이 자주 하는 질문입니다. 답은 "요건을 지켰다면 그렇다"입니다. 일본 법인세법은 결손 연도 청색신고, 이후 연속 신고, 결손 연도 장부 보존을 조건으로 붙입니다.

문제는 이 요건이 몇 년 뒤 공제를 쓰려는 해에 드러난다는 점입니다. 담당자나 세무대리인이 바뀌는 사이 신고 하나가 빠지거나 장부가 사라지면 쌓아 둔 결손금을 못 쓸 수 있습니다.

안내사항

본 글은 해외 진출과 관련한 일반 정보 제공을 목적으로 작성되었습니다. 세무·법률 자문이 아니며, 진출 국가, 거래 구조, 소득 종류, 적용 연도 등에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 실제 의사결정 전에는 회계사, 세무사, 변호사 등 전문가와 개별 사실관계를 확인하시기 바랍니다.

AI 활용 및 투명성 안내

이 글은 AI 도구의 도움을 받아 초안을 작성했습니다. 일본 「법인세법」 제57조·제58조·제66조·제74조·제80조·제122조·제127조와 「법인세법 시행규칙」 제26조의3·제59조는 일본 정부 법령 포털(e-Gov 법령검색) 현행 조문(2026-10-13~14 조회)과, 실무 설명은 일본 국세청 タックスアンサー No.5762·5763·5800·5930(각 "令和8年4月1日現在法令等" 기준, 2026-10-22 조회)과 대조했습니다. 중소법인 해당 여부와 모회사 자본금 환산은 단정하지 않았습니다.

핵심 요약

• 기간: 각 사업연도 개시일 전 10년 이내 개시 사업연도에 생긴 결손금을 공제합니다. 다만 2018년 4월 1일(平成30年4月1日) 전에 개시한 사업연도의 결손금은 9년입니다.

• 청색신고: 결손 연도에 청색 확정신고를 해야 하며, 백색 연도 결손금은 재해손실 외에는 이월되지 않습니다(제58조).

• 신고 연속성: 결손 연도 이후 연속해서 확정신고서를 내야 합니다(제57조 제10항).

• 장부 보존: 결손 연도 장부서류는 일반 7년이 아니라 10년 보존합니다(시행규칙 제26조의3).

• 한도: 원칙은 공제 전 소득의 50%, 자본금 1억 엔 이하 중소법인등은 소득 전액입니다. 단 자본금 5억 엔 이상 법인이 100% 지배하면 중소법인등에서 빠집니다.

Q&A

Q1. 일본 결손금 이월공제, 청색신고는 언제 기준으로 봐야 하나요?

기준은 결손이 난 사업연도입니다. 일본 국세청도 결손 연도 청색 확정신고, 이후 연속 확정신고, 장부서류 보존을 함께 요구합니다. 실무상 두 가지가 중요합니다.

1. 결손 연도에 청색이었다면, 그 뒤 신고가 백색이어도 그 결손금은 공제 대상입니다. 거꾸로 결손 연도가 백색이면 제58조에 따라 재해손실을 넘는 결손금은 "없는 것"으로 봅니다. 영업 적자는 사실상 이월되지 않습니다.

2. 청색 승인 자체가 거슬러 취소될 수 있습니다. 제127조는 장부 보존이 기준에 맞지 않거나 확정신고서를 기한까지 내지 않으면 해당 사업연도까지 거슬러 승인을 취소할 수 있게 하고, 그 연도부터의 청색신고서를 청색 외 신고서로 봅니다. 결손 연도가 여기에 걸리면 그 결손금도 제58조로 넘어갑니다.

신설 자회사가 첫해부터 청색으로 신고하려면 설립일 이후 3개월이 지난 날과 첫 사업연도 종료일 중 이른 날의 전날까지 승인 신청을 해야 합니다(제122조 제2항 제1호).

Q2. 결손 연도 이후 확정신고는 왜 끊기면 안 되나요?

제57조 제10항은 이월공제(제1항)를 "결손금이 생긴 사업연도에 확정신고서를 제출하고, 그 후 연속하여 확정신고서를 제출하고 있는 경우"로 한정합니다. 결손 연도 다음 해부터 공제를 쓰는 해까지 사슬이 이어져야 한다는 뜻입니다.

확정신고 기한은 사업연도 종료일 다음 날부터 2개월 이내입니다(제74조 제1항). 적자 자회사는 "낼 세금이 없다"며 신고가 밀리기 쉽지만, 기한을 넘기면 제127조 제1항 제4호의 청색 승인 취소 사유가 됩니다. 적자 연도의 기한 관리가 오히려 더 중요합니다.

본사는 결산 확정 → 2개월 내 신고 → 신고서 사본 보관을 매년 같은 달 점검 일정으로 고정해 두면 됩니다.

Q3. 장부 보관은 몇 년, 어떤 서류를 남겨야 하나요?

청색신고 법인의 일반 장부서류 보존기간은 기산일부터 7년입니다(시행규칙 제59조 제1항). 그런데 결손금 이월공제를 받으려면, 시행규칙 제26조의3이 결손 연도의 같은 장부서류를 기산일부터 10년간 납세지에 보존하도록 정합니다. 국세청 안내도 10년(2018년 4월 1일 전 개시 사업연도는 9년)입니다.

보존 대상은 시행규칙 제59조 제1항 각 호의 세 묶음입니다.

기산일은 해당 사업연도 종료일 다음 날부터 2개월이 지난 날이고, 신고기한을 연장했다면 연장 월수에 2를 더합니다(시행규칙 제59조 제2항).

함정은 보존기간이 이월기간과 같은 10년이라는 점입니다. 세무대리인이나 회계 시스템을 바꿀 때 결손 연도 원장·증빙을 넘겨받았는지 본사가 확인해야 합니다.

Q4. 공제 한도와 이월기간, 모회사 규모에 따라 어떻게 달라지나요?

이월기간은 제57조 제1항상 각 사업연도 개시일 전 10년 이내 개시 사업연도의 결손금이며, 2018년 4월 1일 전 개시 사업연도 발생분은 9년입니다. 여러 해 결손이 있으면 가장 오래된 사업연도 것부터 차례로 공제합니다.

공제 한도는 원칙적으로 공제 전 소득의 100분의 50입니다(제57조 제1항 단서). 50%는 2018년 4월 1일 이후 개시 사업연도 비율입니다. 다만 제57조 제11항은 다음 법인에게 소득 전액까지 공제를 허용합니다.

• 중소법인등: 자본금 1억 엔 이하 보통법인. 단 제66조 제5항 제2호(대법인에 의한 완전지배관계가 있는 보통법인) 등은 제외

• 신설법인 특례: 설립일로부터 7년이 지나는 날까지의 사업연도(중소법인등이 아닌 보통법인 대상, 제66조 제5항 제2호 법인 등은 제외, 상장 후 종료 사업연도는 제외)

본사 관점의 핵심은 모회사 자본금입니다. 제66조 제5항 제2호의 대법인은 "자본금 또는 출자금이 5억 엔 이상인 법인"이고, 국세청은 대법인이 완전지배하는 보통법인 전부에 중소기업 특례(결손금 공제 포함)를 적용하지 않습니다. 조문이 내국법인으로 한정하지 않으므로 100% 모회사인 한국 법인의 자본금도 확인하고, 엔화 환산 방법은 현지 세무대리인과 맞춰 두십시오.

Q5. 결손금 소급공제 환급은 일본 자회사도 쓸 수 있나요?

제80조는 청색 확정신고 사업연도에 생긴 결손금을 그 사업연도 개시일 전 1년 이내 개시 사업연도로 되돌려 법인세 환급을 청구할 수 있게 합니다. 요건은 ① 환급받을 연도부터 결손 연도 전 연도까지 연속 청색 확정신고, ② 결손 연도 청색 확정신고서를 기한 내 제출(기한후신고 제외), ③ 확정신고서와 동시에 환급청구서 제출입니다.

다만 중소기업자등 외 법인은 1992년 4월 1일부터 2028년 3월 31일(令和10年3月31日)까지 종료하는 사업연도의 결손금에 이 제도를 쓸 수 없습니다(해산 등 일정 사유 예외). 자본금 5억 엔 이상 대법인이 완전지배하는 법인도 중소기업자등에서 빠집니다. 첫해 적자 신설 법인은 되돌릴 과거 이익이 없어 대부분 이월공제가 현실적입니다.

가정 사례

(가정) 한국 B사가 100% 출자한 일본 자회사 J사(자본금 3,000만 엔)가 1기 4,000만 엔, 2기 1,000만 엔 결손을 냈고, 3기에 공제 전 소득 3,000만 엔이 났습니다. 1·2기 모두 청색 기한 내 신고, 장부 보존 중입니다.

• J사가 중소법인등인 경우: 소득 전액 한도이므로 1기 결손금에서 3,000만 엔을 공제해 3기 과세소득은 0입니다. 1기 잔액 1,000만 엔과 2기 1,000만 엔은 다음 해로 넘어갑니다.

• B사 자본금이 5억 엔 이상으로 판정되는 경우: J사는 대법인 완전지배 법인이라 중소법인등과 신설법인 특례 모두에서 빠집니다. 한도는 50%인 1,500만 엔이고, 3기 과세소득 1,500만 엔이 남습니다.

• 2기 확정신고가 누락됐던 경우: 1기 결손금은 "연속 제출" 사슬이 끊겨 제57조 제10항 요건을 충족하지 못할 수 있습니다.

실무 체크포인트

1. 설립 직후 청색신고 승인 신청서 제출 여부와 승인 상태 확인

2. 사업연도별 결손금 발생액·사용액·잔액 대장을 본사에서 별도 관리

3. 적자 연도에도 종료 후 2개월 내 확정신고, 신고서 사본 본사 보관

4. 결손 연도 원장·결산서·계약서를 10년 보존 대상으로 따로 표시

5. 세무대리인·회계 시스템 교체 시 결손 연도 자료 인수인계 확인

6. 모회사 자본금 변동(증자 등) 시 일본 자회사 중소법인등 해당 여부 재검토

7. 지분 매각·투자 유치 전 주주 변경 제한(별도 글) 검토

대표님/CFO가 특히 주의할 부분

• 결손금은 신고와 장부로 지키는 자산입니다. 적자 연도의 신고 지연이 몇 년 뒤 세금으로 돌아옵니다.

• 모회사가 증자로 자본금이 커지면, 일본 자회사의 결손금 공제 한도가 전액에서 50%로 바뀔 수 있습니다. 본사 자본 정책과 자회사 세금이 연결돼 있습니다.

• 10년 이월기간은 "10년 안에 다 쓸 수 있다"는 보장이 아닙니다. 50% 한도가 걸리면 기간 안에 다 못 쓰고 소멸하는 결손금이 생길 수 있습니다.

결론 및 전문가 Tip

일본 자회사의 결손금은 청색신고 → 연속 신고 → 10년 장부 보존 → 한도·기간 확인의 순서로 관리하면 됩니다. 한국 본사에서는 매년 일본 결산이 끝날 때 결손금 대장과 신고서 사본, 장부 보존 상태를 한 번에 점검하는 루틴을 두는 것이 가장 효과적입니다. 흑자 전환이 보이는 시점에는 모회사 자본금 기준으로 공제 한도를 미리 계산해 두면 현지 납세 자금 계획이 정확해집니다.

창의회계법인 서비스 안내

창의회계법인은 일본 자회사를 둔 한국 기업을 위해 사업연도별 결손금 대장을 만들고, 청색신고 승인 상태·확정신고 연속성·결손 연도 장부 보존 여부를 본사 관점에서 점검해 드립니다. 모회사 증자나 지분 구조 변경을 앞두고 있다면 일본 자회사의 공제 한도 변화부터 함께 계산해 드립니다.

참고 출처 요약

• e-Gov 법령검색, 「法人税法」 제57조(欠損金の繰越し)·제58조·제66조·제74조·제80조·제122조·제127조 — https://laws.e-gov.go.jp (法人税法, 昭和四十年法律第三十四号) (2026-10-13~14 조회)

• e-Gov 법령검색, 「法人税法施行規則」 제26조의3(欠損金に係る帳簿書類の保存)·제59조(帳簿書類の整理保存) — https://laws.e-gov.go.jp (法人税法施行規則, 昭和四十年大蔵省令第十二号) (2026-10-14 조회)

• 일본 국세청, タックスアンサー No.5762 青色申告書を提出した事業年度の欠損金の繰越控除 — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5762.htm (2026-10-22 조회)

• 일본 국세청, No.5763 欠損金の繰戻しによる還付 — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5763.htm (2026-10-22 조회)

• 일본 국세청, No.5800 一定の大法人等の100％子法人等における中小企業向け特例措置の不適用について — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5800.htm (2026-10-22 조회)

• 일본 국세청, No.5930 帳簿書類等の保存期間 — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5930.htm (2026-10-22 조회)

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