"일본 자회사가 세무조사에서 본사에 낸 로열티가 너무 높다고 지적받아 소득이 올라갔습니다. 그러면 한국 본사가 그 로열티를 수익으로 신고해 이미 낸 법인세는 돌려받나요?" 일본에 자회사를 둔 기업이 이전가격 조사를 처음 겪으면 꼭 나오는 질문입니다. 답은 "자동으로는 안 된다"입니다. 일본이 올려 잡은 만큼 한국이 알아서 내려 주는 구조가 아니라, 조약 제9조와 상호합의 절차를 거쳐야 한국 쪽 세금이 조정됩니다.

이전가격 문제는 세율표가 아니라 "같은 이윤을 두 나라가 동시에 자기 것이라고 보는 상황"에서 생깁니다. 조세조약은 이 충돌을 완전히 없애지는 못하지만, 어느 쪽이 양보해야 하는지와 그 절차를 정해 둡니다. 한일 조약에서 그 조문이 제9조이고, 2021년 3월 1일 이후 개시 사업연도부터는 MLI 제17조 제1항이 함께 적용됩니다.

안내사항

본 글은 해외 진출과 관련한 일반 정보 제공을 목적으로 작성되었습니다. 세무·법률 자문이 아니며, 진출 국가, 거래 구조, 소득 종류, 적용 연도 등에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 실제 의사결정 전에는 회계사, 세무사, 변호사 등 전문가와 개별 사실관계를 확인하시기 바랍니다.

AI 활용 및 투명성 안내

이 글은 AI 도구의 도움을 받아 초안을 작성했습니다. 한일 조세조약 제9조·제25조 국문은 국가법령정보센터 조약 본문과, 영문과 MLI 적용 문구는 일본 재무성이 공개한 한일 조약 MLI 통합본문(Synthesised Text)과 MLI 적용 안내 페이지와, 한국 조문은 「국제조세조정에 관한 법률」 제7조·제8조·제12조·제13조·제14조·제16조·제42조·제46조·제47조·제49조와 같은 법 시행령 제21조 현행 본문과, 일본 조문은 e-Gov 법령검색의 조세특별조치법 제66조의4와, 일본 상호합의 안내는 일본 국세청(NTA) 相互協議 페이지와 대조했습니다(모두 2026-10-26 조회). 상호합의와 사전승인의 실제 소요 기간은 사안마다 달라 수치로 단정하지 않았습니다.

핵심 요약

• 한일 조세조약(1998년 10월 8일 서명, 1999년 11월 22일 발효) 제9조 제1항은 특수관계기업 간 조건이 독립기업 간 조건과 다르면 그 차이만큼 이윤을 더해 과세할 수 있다고 정합니다. 양국 모두 자기 쪽 기업의 소득을 올릴 권한을 갖습니다.

• 제9조 제2항은 한쪽이 소득을 올려 잡았을 때 다른 쪽이 세액을 "적절히 조정"하도록 하되, 원문은 양국 권한 있는 당국이 협의로 동의하는 것을 전제로 합니다. 여기에 MLI 제17조 제1항이 적용되어, 정상가격에 해당하는 이윤이면 대응조정 의무가 분명해지고 당국 간 협의는 "필요한 경우"에 하는 것으로 바뀌었습니다.

• 한국에서는 국조법 제12조에 따라 상호합의절차가 종결된 경우에 과세당국이 과세표준과 세액을 조정합니다. 일본의 과세만으로 한국 세금이 바로 줄지는 않습니다. 상호합의는 과세 사실을 안 날부터 3년 안에 신청해야 합니다(제42조).

• 일본 쪽 근거는 조세특별조치법 제66조의4입니다. 지분 50% 이상 관계의 국외관련자와의 거래를 독립기업간가격으로 간주하고, 이전가격 사안에는 7년의 경정 기간이 적용됩니다.

• 분쟁을 사후에 푸는 대신, 국조법 제14조의 정상가격 산출방법 사전승인(APA)으로 미리 양국 합의를 받아 두는 선택지가 있습니다.

Q&A

Q1. 한일 조세조약 이전가격 조문, 제9조 제1항의 정상가격 원칙은 무엇을 허용하나요?

한일 조약 제9조 제1항은 두 가지 관계를 전제로 합니다. 가. 한쪽 체약국 기업이 다른 쪽 체약국 기업의 경영·지배 또는 자본에 직접 또는 간접으로 참여하는 경우, 나. 동일인이 양쪽 기업의 경영·지배 또는 자본에 참여하는 경우입니다. 한국 본사와 일본 100% 자회사는 가에, 한국 모회사 아래 형제회사인 한국 법인과 일본 법인은 나에 해당합니다.

이 관계에서 "양 기업간의 상업상 또는 재정상의 관계에 있어서 독립기업간에 설정되는 조건과 다른 조건이 설정되거나 부과된 경우", 그 조건이 없었다면 한쪽 기업의 이윤이 되었을 금액을 그 기업의 이윤에 포함해 과세할 수 있습니다. 영문도 같은 구조로, 독립기업 간에 설정될 조건과 다른 조건(conditions which differ from those which would be made between independent enterprises)이 있으면 그 이윤을 "may be included in the profits of that enterprise and taxed accordingly"라고 적습니다.

기업 입장에서 중요한 점은 세 가지입니다.

1. 양국 모두에 권한이 있습니다. 한국 과세당국은 국조법 제7조로 한국 본사의 소득을, 일본 국세청은 조세특별조치법 제66조의4로 일본 자회사의 소득을 각각 정상가격 기준으로 다시 계산할 수 있습니다.

2. 조약은 "할 수 있다(may)"고만 정합니다. 어떤 방법으로 정상가격을 구하는지는 각국 국내법에 맡겨져 있습니다. 한국은 국조법 제8조 제1항이 비교가능 제3자 가격방법·재판매가격방법·원가가산방법·거래순이익률방법·이익분할방법과 그 밖의 합리적 방법 가운데 가장 합리적인 방법을 쓰도록 정합니다.

3. 시간 제한이 조약에 있습니다. 제9조 제3항은 조건이 없었더라면 발생했을 이윤이 있는 과세연도의 종료로부터 10년이 지나면 한쪽 체약국이 그 기업의 이윤을 변경할 수 없다고 정합니다. 기만 또는 고의적인 의무불이행의 경우에는 이 제한이 적용되지 않습니다.

Q2. 제9조 제2항 대응조정, MLI 제17조 제1항이 적용되면 무엇이 달라지나요?

제9조 제2항은 한쪽 체약국이 제1항으로 자기 기업의 이윤을 올려 잡았을 때, 그 이윤이 다른 쪽 체약국에서 이미 과세된 이윤이라면 다른 쪽 체약국이 "그러한 이윤에 대한 동 타방체약국의 과세액을 적절히 조정하여야 한다"고 정합니다. 이것이 대응조정(corresponding adjustment)입니다.

다만 1998년 원문에는 조건이 붙어 있습니다. "양 체약국의 권한있는 당국이 협의에 의하여 그와 같이 포함된 이윤의 전부 또는 일부가 양 기업간에 설정된 조건이 독립기업간에 설정된 조건이었다면 동 일방체약국 기업에게 발생되었을 이윤이라는 점에 동의한다면"이라는 문구입니다. 영문도 양국 권한 있는 당국이 협의하여 동의하는 경우(where the competent authorities of the Contracting States agree, upon consultation)로 적습니다. 즉 양국 당국이 먼저 협의해 동의해야 대응조정 의무가 생기는 구조였습니다.

일본 재무성이 공개한 한일 조약 MLI 통합본문은 제9조 제2항 바로 아래에 박스를 두고 "The following paragraph 1 of Article 17 of the MLI applies to the Convention"라고 표기합니다. 기존 제2항을 삭제하거나 대체(replace)한 것이 아니라 그대로 둔 채, MLI 제17조 제1항이 이 협약에 적용된다는 표기입니다. MLI 제17조 제1항은 다른 쪽 체약국이 그 이윤에 대한 세액을 "shall make an appropriate adjustment"라고 정하고, 당국 간 협의는 "shall if necessary consult each other", 즉 필요한 경우에 하는 것으로 적습니다. 대응조정이 "협의로 동의한 뒤"가 아니라 "정상가격에 해당하는 이윤이면" 해야 하는 의무로 읽히게 된 것이 차이입니다.

재무성 MLI 적용 안내에 따르면, MLI는 일본에 2019년 1월 1일, 한국에 2020년 9월 1일 발효했고, 한일 조약에 적용되는 MLI 조항은 제6조 제1항(전문), 제7조 제1항(주요목적기준), 제16조 제1항 첫 문장(상호합의), 제17조 제1항(대응조정)입니다. 적용 시점은 원천징수세는 2021년 1월 1일 이후 발생분, 그 밖의 세금은 2021년 3월 1일 이후 개시하는 과세기간부터입니다. 이전가격 조정은 법인세 사안이므로 2021년 3월 1일 이후 개시 사업연도분에 MLI 문구가 적용됩니다. 그 이전 사업연도 사안은 1998년 원문 그대로 읽어야 합니다.

Q3. 일본 국세청이 자회사 소득을 올려 잡으면 한국 본사 세금은 자동으로 줄어드나요?

아닙니다. 한국 국조법 제12조 제1항은 "체약상대국이 거주자와 국외특수관계인의 거래가격을 정상가격으로 조정하고, 이에 대한 상호합의절차가 종결된 경우에는" 과세당국이 그 합의에 따라 과세표준과 세액을 조정할 수 있다고 정합니다. 조정을 받으려는 거주자는 수정신고 또는 경정청구를 해야 합니다(제2항). 상호합의 종결이 대응조정의 전제입니다.

양국 조정의 실제 순서는 다음과 같습니다.

1. 일본 과세: 일본 국세청이 조세특별조치법 제66조의4에 따라 일본 자회사의 소득을 독립기업간가격 기준으로 경정합니다. 일본 자회사는 추가 법인세를 냅니다.

2. 한국 상호합의 신청: 한국 본사는 국조법 제42조 제1항 제2호(체약상대국 과세당국으로부터 조세조약에 부합하지 않는 과세처분을 받았거나 받을 우려) 또는 제3호(조세조약에 따라 양국 간 조세조정이 필요한 경우)에 따라 국세청장에게 상호합의절차 개시를 신청합니다. 과세 사실을 안 날부터 3년이 지나 신청하면 개시 요청이 거절될 수 있고(제42조 제2항 제4호), 조약 제25조 제1항도 "조치의 최초통보일부터 3년이내"를 정합니다. 일본 자회사 역시 일본 국세청 상호협의실에 상호협의를 신청할 수 있습니다.

3. 당국 간 협의: 양국이 어느 금액이 정상가격인지 협의합니다. 국조법 제46조는 합의가 이루어지지 않으면 개시일의 다음 날부터 5년이 되는 날을 종료일로 하고, 계속 진행에 합의하면 8년을 넘지 못하도록 정합니다. 조약 제25조 제2항은 도달된 합의가 "체약국 국내법상의 시한에 불구하고 시행된다"고 정합니다.

4. 한국 대응조정: 종결되면 재정경제부장관이나 국세청장이 종료일의 다음 날부터 15일 이내에 결과를 통보하고(제47조 제2항), 본사는 통보를 받은 날부터 3개월 이내에 상호합의 종결 통보서를 첨부해 수정신고 또는 경정청구를 합니다(시행령 제21조 제1항). 세무서장은 경정청구를 받은 날부터 2개월 이내에 경정할 수 있습니다(같은 조 제2항).

이 사이 기업의 현금은 어떻게 될까요. 일본에서는 추가 세금을 이미 냈고, 한국에서는 이미 낸 세금이 그대로 남아 있습니다. 즉 상호합의가 끝나기까지 같은 이윤에 대한 세금을 두 나라에 동시에 넣어 둔 상태가 이어집니다. 국조법 제49조는 상호합의 중 납부기한 연장 등의 특례를 두되, 체약상대국도 상호합의절차 진행 중에 납부기한 연장 또는 압류·매각 유예를 허용하는 경우에만 적용합니다. 일본 쪽에서는 조세특별조치법 제66조의4 제31항이 재무대신이 조약상대국 권한 있는 당국과 합의한 경우 그 합의 기간에 대응하는 연체세(延滞税)를 면제할 수 있다고 정합니다.

Q4. 일본 측 근거 조세특별조치법 제66조의4, 어떤 거래가 걸리고 자료는 얼마나 준비하나요?

일본에서 이전가격 과세의 근거는 租税特別措置法 第66条の4(国外関連者との取引に係る課税の特例)입니다. 제1항은 한쪽 법인이 다른 쪽 법인의 발행주식 또는 출자의 50% 이상을 직접·간접으로 보유하는 관계 등 정령으로 정하는 특수관계에 있는 외국법인을 "국외관련자"로 보고, 그 거래에서 받는 대가가 독립기업간가격에 미달하거나 지급하는 대가가 독립기업간가격을 초과할 때 그 거래를 "独立企業間価格で行われたものとみなす(독립기업간가격으로 이루어진 것으로 본다)"고 정합니다. 한국 본사가 일본 자회사 지분을 50% 이상 갖고 있으면 그 자회사에게 한국 본사는 국외관련자입니다.

자료 의무도 조문에 있습니다.

• 동시문서화: 제6항은 독립기업간가격 산정에 필요한 재무성령상 서류(실무상 로컬파일)를 그 사업연도 법인세 신고서 제출기한까지 작성 또는 취득해 보존하도록 정합니다.

• 면제 기준: 제7항은 전 사업연도에 한 국외관련자와의 거래에서 받은 대가와 지급한 대가의 합계가 50억 엔 미만이고, 그중 무형자산 거래의 합계가 3억 엔 미만이면 제6항의 동시문서화 의무를 적용하지 않습니다. 다만 면제돼도 세무조사에서 자료 제출을 요구받을 수 있습니다.

• 추정과세: 제12항은 동시문서화 대상 거래의 서류를 요구받은 날부터 45일(그 밖의 중요 서류는 60일)을 넘지 않는 범위에서 지정된 날까지 제출하지 않으면, 세무서장이 동종 사업을 영위하는 유사 규모 법인의 매출총이익률 등을 기초로 독립기업간가격을 추정해 경정·결정할 수 있다고 정합니다.

• 기간: 제27항은 이전가격 사안의 경정·결정을 법정신고기한 등으로부터 7년이 지나는 날까지 할 수 있다고 정하고, 제26항은 납세자 쪽 경정청구 기간도 이 경우 5년이 7년으로 바뀐다고 정합니다. 일본 국세청은 2017년 6월 「移転価格ガイドブック」을 공표해 로컬파일 작성 예시(同時文書化対応ガイド)를 제공합니다.

한국 쪽 자료 의무는 국조법 제16조 제2항입니다. 국외특수관계인과 국제거래를 하는 납세의무자는 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 6개월 이내에 국제거래명세서, 국외특수관계인의 요약손익계산서, 정상가격 산출방법 신고서를 제출해야 하며, 대통령령으로 정하는 요건에 해당하면 면제됩니다.

Q5. 이중과세를 미리 막는 선택지와 조정 뒤 남는 쟁점은 무엇인가요?

사전승인(APA): 국조법 제14조 제1항은 거주자가 일정 기간의 과세연도에 적용할 정상가격 산출방법을 최초 과세연도 개시일의 전날까지 국세청장에게 사전승인 신청할 수 있도록 하고, 제2항은 체약상대국 권한 있는 당국과 상호합의절차를 거쳐 합의했을 때 승인하되, 대통령령으로 정하는 경우 상호합의절차 없이 일방적 사전승인도 가능하다고 정합니다. 일본 국세청도 상호협의 페이지에서 사전확인(APA: Advance Pricing Arrangement)을 함께 안내합니다. 양국 합의가 있는 쌍방 APA는 대상 거래에 대해 일본 조사와 한국 조정이 함께 정리되므로 로열티·경영지원비처럼 매년 반복되는 거래에 맞습니다.

소득처분: 대응조정이 끝나도 한 가지가 남습니다. 국조법 제13조 제1항은 제7조 등에 따라 내국법인의 익금에 산입된 금액이 국외특수관계인으로부터 반환된 것으로 확인되지 않으면 그 금액을 국외특수관계인에 대한 배당으로 처분하거나 출자로 조정한다고 정합니다. 한국이 본사 소득을 올려 잡은 경우(한국 과세 → 일본 대응조정 방향) 조정된 금액을 자회사로부터 실제로 돌려받는지에 따라 2차 과세가 달라지므로, 상호합의 결과를 받은 뒤 반환 여부를 정리해야 합니다.

가정 사례

(가정) 한국 소프트웨어 기업 A사는 일본 100% 자회사 B사로부터 매출의 일정 비율을 로열티로 받습니다. 2024년분 로열티는 3억 엔이었고, A사는 이를 한국에서 수익으로 신고해 법인세를 냈습니다.

• 2026년 일본 세무조사에서 일본 국세청이 독립기업간가격 기준으로 적정 로열티를 2억 엔으로 보고, B사 소득을 1억 엔 올려 경정했습니다. B사는 1억 엔에 대한 일본 법인세를 추가로 냅니다.

• 이 시점에서 A사는 한국에서 3억 엔 전액에 대해 법인세를 이미 냈으므로, 1억 엔은 양국에서 모두 과세된 상태입니다.

• A사는 경정 사실을 안 날부터 3년 안에 국세청장에게 상호합의절차 개시를 신청합니다(국조법 제42조). 양국이 적정 로열티를 2억 5천만 엔으로 합의했다면, A사는 종결 통보를 받은 날부터 3개월 이내에 5천만 엔만큼 수익을 줄이는 경정청구를 합니다(제12조, 시행령 제21조). 일본 쪽은 합의에 맞춰 B사 과세를 다시 조정합니다.

• 합의가 끝나기까지 1억 엔에 대한 양국 세금이 동시에 묶여 있던 기간의 자금 부담은 기업이 안습니다. 다음 해부터 같은 거래에 대해 국조법 제14조의 쌍방 APA를 신청하면 매년 반복되는 분쟁을 피할 수 있습니다. 금액과 결론은 가정이며, 실제 정상가격은 기능·위험 분석에 따라 달라집니다.

실무 체크포인트

1. 일본 자회사 지분이 50% 이상이면 조세특별조치법 제66조의4의 국외관련자 관계가 성립하는지 확인

2. 전 사업연도 거래 합계 50억 엔·무형자산 3억 엔 기준으로 일본 로컬파일 동시문서화 의무 여부 판단

3. 한국 국조법 제16조 제2항 서류(국제거래명세서 등)를 사업연도 종료 월말부터 6개월 안에 제출

4. 일본 세무조사에서 서류 제출을 요구받으면 45일·60일 기한을 달력에 표시(미제출 시 추정과세)

5. 일본 경정이 확정되면 과세 사실을 안 날부터 3년 안에 상호합의 신청 여부를 결정

6. 상호합의 종결 통보를 받으면 3개월 이내 수정신고·경정청구(종결 통보서 첨부)

7. 반복 거래는 국조법 제14조 사전승인(쌍방 APA)으로 전환할지 검토

대표님/CFO가 특히 주의할 부분

• 일본의 과세와 한국의 감액은 연결되어 있지 않습니다. 상호합의를 신청하지 않으면 한국 세금은 그대로 남습니다.

• 상호합의 진행 중에는 양국 세금을 동시에 부담합니다. 국조법 제46조 기준으로 최장 5년(계속 진행 합의 시 8년)까지 이어질 수 있는 절차이므로 자금 계획에 반영해야 합니다.

• MLI 제17조 제1항이 적용되는 2021년 3월 1일 이후 개시 사업연도분과 그 이전 사업연도분은 제9조 제2항의 읽는 방식이 다릅니다. 과거 연도 사안은 원문 그대로 읽어야 합니다.

• 일본은 이전가격 사안에 7년 경정 기간을 두고 있어, 한국 기준으로 이미 지난 연도라고 안심할 수 없습니다.

결론 및 전문가 Tip

한일 조약 제9조는 두 나라가 모두 소득을 올려 잡을 수 있게 하고, 그 충돌을 대응조정과 상호합의로 풀도록 설계돼 있습니다. MLI 제17조 제1항 적용으로 대응조정 의무가 분명해졌으나, 한국 국조법 제12조는 상호합의 종결을 전제로 합니다. 대표님이 기억할 것은 세 가지입니다. ① 일본 과세가 나오면 안 날부터 3년 안에 상호합의 신청, ② 종결되면 3개월 안에 경정청구, ③ 반복 거래는 APA로 미리 묶기. 이 세 기한만 지켜도 이중과세가 그대로 굳어지는 상황은 피할 수 있습니다.

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창의회계법인은 일본 자회사와의 로열티·경영지원비·제품 거래에 대해 한국 국조법 제16조 서류와 일본 조세특별조치법 제66조의4 로컬파일 기준을 함께 점검하고, 일본 과세 통지를 받은 기업의 상호합의 신청 자료 준비와 종결 후 경정청구까지 지원합니다. 매년 반복되는 거래는 쌍방 APA 전환 가능성도 함께 검토해 드립니다.

참고 출처 요약

• 국가법령정보센터, 「대한민국과 일본국간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약」 제9조·제25조(발효 1999.11.22) — https://www.law.go.kr/LSW/trtyInfoR.do?trtySeq=1127 (2026-10-26 조회)

• 일본 재무성, Synthesised Text of the MLI and the Convention between Japan and the Republic of Korea(Article 9, MLI Article 17(1)) — https://www.mof.go.jp/tax_policy/summary/international/tax_convention/SynthesizedTextforJapan_Korea_EN.pdf (2026-10-26 조회)

• 일본 재무성, Application of the MLI to the Tax Treaty between Japan and Korea — https://www.mof.go.jp/english/policy/tax_policy/tax_conventions/mli_kor.htm (2026-10-26 조회)

• 국가법령정보센터, 「국제조세조정에 관한 법률」 제7조·제8조·제12조·제13조·제14조·제16조·제42조·제46조·제47조·제49조, 같은 법 시행령 제21조 — https://www.law.go.kr/법령/국제조세조정에관한법률 (korean-law MCP, 2026-10-26 조회)

• 일본 e-Gov 법령검색, 租税特別措置法(昭和32年法律第26号) 第66条の4 国外関連者との取引に係る課税の特例 — https://laws.e-gov.go.jp/law/332AC0000000026 (2026-10-26 조회)

• 일본 국세청(NTA), 相互協議 — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/kokusai/map/index.htm (2026-10-26 조회)

• 일본 국세청(NTA), 移転価格ガイドブック(2017년 6월) — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/kokusai/itenkakakuzeisei/index.htm (2026-10-26 조회)

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