"일본 자회사를 설립하고 직원을 파견했는데, 현지 법인 자금이 부족해 한국 본사에서 원화로 월급을 주고 있습니다. 문제가 없나요?", "한국 본사에서 전액 급여를 지급하고 있으니 한일 조세조약의 183일 비과세 특례를 적용받을 수 있지 않나요?"

일본에 진출하는 한국 기업 실무진이 흔히 저지르는 가장 위험한 착각 중 하나입니다. 직원이 일본에 파견되어 현지 자회사의 영업, 개발, 관리 업무를 수행하고 있다면, 급여를 한국 계좌로 원화로 받든 일본 계좌로 엔화로 받든 소득의 원천은 '일본 내 근로 제공'입니다.

한국 본사가 대신 지급했으니 세무 처리가 단순해진 것이 아니라, 오히려 한국과 일본 양국에서 다층적인 세무 문제가 얽히게 됩니다. 개인 소득세 차원에서는 일본 국세청에 대한 확정신고 누락 및 무신고 가산세가 발생하고, 양국 법인세 차원에서는 한국 본사의 인건비 손금 부인(이전가격 부당행위) 및 일본 자회사의 미계상 비용(채무면제익 또는 증여) 리스크가 발생합니다.

안내사항

본 글은 해외 진출과 관련한 일반 정보 제공을 목적으로 작성되었습니다. 세무·법률 자문이 아니며, 진출 국가, 거래 구조, 소득 종류, 적용 연도 등에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 실제 의사결정 전에는 회계사, 세무사, 변호사 등 전문가와 개별 사실관계를 확인하시기 바랍니다.

AI 활용 및 투명성 안내

이 글은 AI 도구의 검토를 거쳐 초안을 작성했습니다. 한일 조세조약(대한민국과 일본국 간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피 및 탈세방지를 위한 협약, 1999년 11월 22일 발효, 조약 제1496호) 제4조, 제15조, 제16조의 정식 조문과 일본 재무성(MOF) 통합본을 바탕으로 조약상 요건을 분석했습니다. 일본 세법 규정은 일본 소득세법(所得税法) 제2조, 제7조, 제183조, 시행령 제14조, 일본 국세청(NTA) 타깃 가이드(No.2875, No.2517, No.2884, 모두 令和8年 4월 1일 현재 기준) 및 법인세 기본통달(法人税基本通達) 제9장 제2절(출향자의 급여부담금 9-2-45~47)을 대조했습니다. 한국 세법은 대한민국 국가법령정보센터의 「소득세법」 제1조의2, 제57조, 동법 시행령 제3조, 제16조 및 「국제조세조정에 관한 법률」 제4조, 제7조 현행 조문을 기준으로 작성했습니다(모두 2026-10-26 조회 기준). 본문의 환율 및 사례 수치는 이해를 돕기 위한 가정입니다.

핵심 요약

• 일본 소득세법상 거주자 판정: 통상 1년 이상 체류를 요하는 직업으로 일본에 부임하는 주재원은 소득세법 시행령 제14조 제1항 제1호에 따라 일본 도착 즉시 '국내에 주소가 있는 것'으로 추정되어 거주자(비영주자)가 됩니다.

• 국내원천소득 과세: 주재원이 일본 내에서 수행한 근로의 대가는 지급지가 한국 본사이든 일본 자회사이든 소득세법 제7조에 따라 전액 일본 과세 대상입니다.

• 한일 조세조약 제15조 제2항(183일 규칙) 배제: 보수가 '실질적 고용주'인 일본 자회사를 위해 근무한 대가이거나 자회사의 비용으로 귀속되어야 할 성격인 경우, 체류일수가 183일 미만이라도 단기체류자 비과세 혜택을 받을 수 없습니다.

• 본사 대납 급여의 법인세 처리(출향 급여부담금): 본사가 대납한 급여는 일본 법인세 기본통달 9-2-45에 따라 자회사가 본사에 '급여부담금(給与負担金)'으로 정산 지급해야 자회사의 정당한 인건비(손금)로 인정됩니다.

• 격차 보전금(較差補塡)의 예외 인정: 본사와 현지 간 물가 차이나 환율 급변으로 본사가 주재원의 불이익을 보전해 주는 '격차 보전금' 및 '유수택수당(留守宅手当)'은 기본통달 9-2-47에 따라 본사의 정당한 손금으로 인정될 수 있습니다.

Q&A

Q1. 일본에 파견된 직원의 소득세 거주자 신분은 어떻게 결정되며, 한국에서 받은 급여도 일본에 신고해야 하나요?

많은 기업이 "한국에서 급여를 받으니 한국 거주자로서 한국에 세금을 내면 끝"이라고 생각하지만, 이는 일본 세법을 위반하는 심각한 착오입니다.

일본 소득세법 제2조 제1항 제3호는 일본 국내에 주소가 있거나 현재까지 계속하여 1년 이상 거소를 둔 개인을 '거주자'로 정의합니다. 특히 소득세법 시행령 제14조 제1항 제1호는 일본에 입국하여 근무하게 된 자가 "계속하여 1년 이상 거주할 것을 통상 필요로 하는 직업을 가진 경우" 입국 시점부터 일본 국내에 주소가 있는 것으로 추정하도록 정하고 있습니다. 일반적인 주재원 파견은 1년 이상의 임기를 전제로 하므로 부임 당일부터 일본 거주자 신분을 얻습니다.

외국 국적자가 과거 10년 중 일본 내 주소·거소를 둔 기간이 5년 이하인 경우 소득세법 제2조 제1항 제4호에 따라 '비영주자(非永住者)'로 분류됩니다. 비영주자는 소득세법 제7조 제1항 제2호에 따라 국외원천소득 중 일본 국내로 송금되지 않은 소득에 대해서는 과세가 면제되지만, 일본 국내에서 근로를 제공하고 얻은 국내원천소득은 전액 과세 대상입니다.

따라서 주재원이 일본 현지에서 근무하면서 얻은 근로 대가는, 그 급여가 한국 본사 계좌에서 원화로 입금되었더라도 명백한 '일본 국내원천 근로소득'입니다. 일본 자회사를 통해 원천징수되지 않는 국외 지급 급여이므로, 주재원은 매년 2월 16일부터 3월 15일까지 일본 관할 세무서에 소득세 확정신고서를 제출하고 일본 세금을 직접 자진 납부해야 합니다.

Q2. 한일 조세조약 제15조 제2항의 단기체류자 비과세(183일 규칙)를 적용할 수 없는 이유는 무엇인가요?

일부 실무진은 한일 조세조약 제15조 제2항을 근거로 "한국 본사가 급여를 지급하고 연간 일본 체류일수가 183일 이하이면 일본 세금이 면제된다"고 주장합니다. 하지만 주재원 파견에 이 조문을 적용하는 것은 조약의 취지를 완전히 오해한 것입니다.

한일 조세조약 제15조 제2항에 따라 급여 제공국(일본)에서 비과세를 받으려면 다음 3가지 요건을 동시에(and) 충족해야 합니다.

1. 역년 기준 183일 이하 체류: 당해 역년(1월 1일~12월 31일) 중 총 체류기간이 183일을 초과하지 아니할 것(제15조 제2항 가호).

2. 비거주 고용주에 의한 지급: 보수가 타방체약국(일본)의 거주자가 아닌 고용주(한국 본사)에 의하여 또는 이를 대신하여 지급될 것(제15조 제2항 나호).

3. 고정사업장의 비부담: 보수가 고용주가 타방체약국(일본)에 가지고 있는 고정사업장(PE) 또는 고정시설에 의하여 부담되지 아니할 것(제15조 제2항 다호).

주재원의 경우 체류기간 요건(183일)부터 초과하는 것이 일반적이지만, 설령 파견 첫해에 하반기에 입국하여 183일 이하를 체류했다 하더라도 면제받을 수 없습니다. 국제조세 통일해석상 고용주 요건(나호)은 단순한 계약서상 고용주가 아닌 '실질적 고용주(Economic Employer)'를 의미하기 때문입니다. 직원이 일본 자회사의 지휘·명령을 받아 자회사의 고유 사업을 위해 근무하고 그 성과와 책임이 자회사에 귀속된다면, 실질적 고용주는 일본 자회사입니다. 따라서 본사가 지급한 급여라도 자회사를 대신하여 지급한 것에 불과하므로 183일 비과세 특례를 적용할 수 없습니다.

더욱이 주재원이 일본 자회사의 이사, 감사 등 등기임원으로 취임한 경우에는 제15조가 아닌 제16조(임원의 보수)가 적용되어, 체류일수나 지급 장소와 상관없이 전액 법인 소재지국(일본)에서 과세됩니다.

Q3. 한국 본사가 급여를 대납하고 자회사에 청구하지 않으면 양국 법인세는 어떻게 되나요?

한국 본사가 주재원의 급여를 전액 부담하고 일본 자회사에 이를 청구하여 정산받지 않는 관행은 양국 세무당국으로부터 동시에 제재를 받게 됩니다.

1. 한국 과세당국(국세청)의 제재:

   1. 국조법 제4조 제2항 및 제7조 제1항에 따라 국외특수관계인 간의 국제거래는 정상가격 원칙이 적용됩니다. 본사가 타인(일본 자회사)의 사업 운영을 위해 근무하는 인력의 인건비를 대신 부담해 준 행위는 경제적 합리성이 없는 특수관계자 지원 거래입니다.

   2. 한국 국세청은 해당 인건비를 본사의 정당한 사업상 비용으로 인정하지 않고 전액 손금불산입하며, 부당행위계산 부인에 따라 과세표준을 경정하고 법인세와 가산세를 추징합니다.

1. 일본 과세당국(국세청)의 제재:

   1. 일본 자회사 입장에서는 본사가 인건비를 대신 부담해 주었으므로 채무를 면제받았거나 자산을 무상으로 기여받은 셈이 됩니다.

   2. 일본 국세청은 이를 자회사의 '수증익(受贈益)' 또는 '채무면제익'으로 보아 익금산입하거나, 인건비가 장부에 계상되지 않았으므로 향후 이전가격 세무조사 시 자회사의 원가구조를 왜곡한 것으로 간주하여 이익을 재배분합니다.

결과적으로 한국에서는 비용으로 인정받지 못하고, 일본에서도 정당한 손금으로 반영하지 못하여 동일한 인건비에 대해 양국 모두에서 법인세 불이익을 당하는 최악의 이중과세 상황이 발생합니다.

Q4. 일본 세법상 '출향 급여부담금(給与負担金)' 정산과 임원 손금불산입 규정은 어떻게 적용되나요?

일본 세법은 자회사가 본사로부터 파견받은 인력의 인건비를 적법하게 비용으로 처리할 수 있도록 명문화된 통달 규정을 두고 있습니다. 이것이 바로 일본 법인세 기본통달 9-2-45의 '급여부담금(給与負担金)' 제도입니다.

기본통달 9-2-45에 따르면, 출향선법인(일본 자회사)이 출향원법인(한국 본사)과의 계약에 따라 파견 근로자에 대한 대가로 본사에 지급하는 금액은 명목이 경영지도료나 업무위탁수수료라 할지라도 실질에 따라 '출향선법인의 급여'로 취급되어 전액 손금산입이 인정됩니다.

하지만 주재원이 일본 자회사의 임원(이사 등)으로 취임한 경우에는 극도로 엄격한 제한이 따릅니다(기본통달 9-2-46).

• 일본 법인세법 제34조는 원칙적으로 정기동액급여(매월 일정한 급여)나 사전확정신고급여에 해당하지 않는 임원 보수를 손금에 산입하지 않습니다.

• 따라서 출향 임원에 대한 급여부담금이 일본 자회사의 손금으로 인정받기 위해서는 기본통달 9-2-46에 따라 ① 주주총회 또는 이사회에서 출향 임원의 보수 한도나 지급 기준을 결의해야 하고, ② 본사와 자회사 간의 출향계약서에 파견 기간 및 급여부담금 액수를 사전에 확정하여 정기적으로 지급해야 합니다.

• 만약 사후적으로 임의 정산하거나 이사회 결의 금액을 초과하여 본사에 송금하면 초과액 전액이 손금불산입 처리됩니다(기본통달 9-2-46 (注)2).

Q5. 물가 차이나 환율 때문에 본사가 추가로 보전해 준 금액(격차보전금)은 본사 비용으로 인정될 수 있나요?

한국 본사의 급여 수준과 일본 현지의 물가·세율 차이로 인해, 주재원이 불이익을 받지 않도록 본사가 추가적인 수당을 보전해 주는 경우가 있습니다. 이에 대해 일본 법인세 기본통달 9-2-47은 매우 합리적인 예외 규정을 두고 있습니다.

기본통달 9-2-47에 따르면, 출향원법인(한국 본사)의 급여 조건이 현지 출향선법인보다 유리하여 발생하는 급여 격차를 본사가 보전하기 위해 지급하는 '격차 보전금(較差補塡)'은 출향원법인의 정당한 손금(비용)으로 인정됩니다.

또한 기본통달 9-2-47 (注)2는 파견처가 해외 현지법인이라는 특수성을 감안하여 본사가 한국에 남아 있는 가족의 생계를 돕기 위해 지급하는 국내 주거지원비나 가족수당, 즉 '유수택수당(留守宅手当)' 역시 합리적인 격차 보전의 일환으로 보아 본사의 손금으로 인정하도록 명시하고 있습니다.

따라서 실무적으로는 기본 업무에 상응하는 기준 급여는 일본 자회사가 급여부담금으로 정산하여 현지 손금으로 처리하고, 해외 파견에 따른 특수 할증금이나 해외 주거수당 등은 출향계약서에 '격차보전금' 명목으로 명문화하여 한국 본사가 부담하는 구조로 분리 설계하는 것이 가장 안전합니다.

가정 사례

(가정) 한국 본사 A사는 2026년 1월 1일 일본 도쿄에 설립한 100% 자회사 B사의 대표이사(등기임원)로 한국 본사의 팀장 갑(한국 국적)을 파견했습니다. 파견 기간은 2년입니다.

• 잘못된 실무 처리 (대납 관행):

  • A사는 B사의 초기 자금 사정을 고려하여 갑의 연봉 1억 2,000만원(월 1,000만원 상당)을 한국 본사 계좌에서 계속 지급하고, 갑에 대해 한국에서만 근로소득세를 원천징수했습니다. B사는 장부에 인건비를 전혀 반영하지 않았습니다.

  • 세무조사 결과:

  • 일본 국세청: 갑은 소득세법 시행령 제14조 제1항 제1호에 따른 일본 거주자이며, 조세조약 제16조에 따라 자회사 임원 보수는 전액 일본 과세 대상입니다. 갑에게 지난 1년간의 소득세 미신고에 대한 본세와 가산세 등을 추징했습니다.

  • 한국 국세청: 국조법 제7조 제1항에 따라 A사가 B사에 파견된 임원의 급여 1억 2,000만원을 대납한 것은 국외특수관계인에 대한 부당 지원입니다. A사의 손금에서 1억 2,000만원을 부인하고 법인세를 추징했습니다.

• 적법한 표준 실무 처리 (급여부담금 계약):

  • A사와 B사는 파견 전 '임원 출향 계약서'를 체결하고, 기본 급여 월 800만원 상당(엔화 환산액)은 B사가 '급여부담금'으로 정산하여 A사에 송금하기로 정했습니다. B사 주주총회 및 이사회에서 해당 임원 보수 한도를 적법하게 결의했습니다(기본통달 9-2-46).

  • 도쿄의 높은 주거비와 체재비를 지원하기 위한 월 200만원 상당의 주거격차수당은 A사의 '격차보전금(留守宅手当)'으로 정하여 A사가 직접 부담하기로 계약서에 명시했습니다(기본통달 9-2-47).

  • 결과: B사는 지급한 급여부담금을 일본 법인세상 합법적인 손금으로 인정받아 일본 법인세를 절감했고, A사는 격차보전금을 본사 비용으로 인정받았습니다. 갑은 일본에서 적법하게 거주자 확정신고를 이행하고 한국 소득세법 제57조에 따라 외국납부세액공제를 받아 이중과세를 완벽히 해소했습니다.

실무 체크포인트

1. 일본에 직원을 파견하기 전 파견 기간이 1년 이상인지 확인하고, 일본 소득세법상 거주자(비영주자) 판정 여부를 확정합니다.

2. 한일 조세조약 제15조 제2항의 183일 비과세 규정은 자회사 업무를 수행하는 주재원에게 적용되지 않음을 인식합니다.

3. 파견 전 본사와 일본 자회사 간에 명문화된 '출향계약서(파견계약서)'를 작성하고 급여 부담 주체와 정산 주기를 명시합니다.

4. 파견자가 일본 자회사의 등기임원(이사·감사)인 경우 일본 법인세법 제34조에 위배되지 않도록 자회사 주총·이사회 결의 및 정기동액 요건을 갖춥니다.

5. 본사가 주재원에게 직접 지급하는 급여가 있다면 현지 자회사가 매월 또는 분기별로 '급여부담금' 인보이스를 발행하여 본사에 청구하고 외환 정산을 완료합니다.

6. 현지 물가 차이나 가족 지원 목적의 수당은 기본통달 9-2-47에 따른 '격차보전금' 요건을 갖추어 본사 손금 근거를 구비합니다.

7. 주재원은 매년 3월 15일까지 일본 국세청에 소득세 확정신고를 이행하고, 한국 100% 출자법인 파견자로서 한국 소득세법상 외국납부세액공제(10년 이월)를 신청합니다.

대표님/CFO가 특히 주의할 부분

• "한국에서 원천징수했으니 문제없다"는 착각: 과세 권한은 근로가 제공된 장소(일본)에 우선권이 있습니다. 한국에서 세금을 냈다고 일본 세무서의 추징을 피할 수 없습니다.

• 임원 출향 시 손금 전액 부인 위험: 일본 자회사 임원으로 등기된 주재원의 급여부담금은 사전 결의와 계약 요건을 갖추지 못하면 일본 자회사에서 전액 손금불산입되어 법인세가 폭탄으로 돌아옵니다.

• 이전가격 조사 1순위 타깃: 국외 자회사에 인력을 보내놓고 인건비를 본사가 계속 떠안고 있는 행위는 한국 국세청 국제조세 감시망에 즉각 포착되는 전형적인 적발 유형입니다.

• 주재원 개인의 비자 및 형사 책임: 일본에서 소득세를 고의 또는 중과실로 신고 누락하는 경우 단순 세금 추징에 그치지 않고 경영관리 비자 갱신 거부 및 출입국 제재로 이어질 수 있습니다.

결론 및 전문가 Tip

일본 주재원 급여 관리는 인사 노무의 문제가 아니라 한일 양국의 조세조약, 소득세 원천징수, 법인세 이전가격이 복합적으로 얽힌 고도의 국제조세 프로젝트입니다. 가장 안전하고 정석적인 해법은 파견 시점에 양사 간 '출향계약'을 체결하여 현지 근무에 따른 통상 급여는 일본 자회사의 '급여부담금'으로 전액 정산하고, 본사는 통달 9-2-47이 허용하는 합리적인 범위 내의 '격차보전금'만을 부담하는 것입니다. 또한 주재원 개인의 일본 내 거주자 확정신고와 한국 세법상의 외국납부세액공제를 체계적으로 연계하여 이중과세와 가산세 리스크를 사전에 원천 차단해야 합니다.

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참고 출처 요약

• 대한민국과 일본국 간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피 및 탈세방지를 위한 협약(조약 제1496호, 1999. 11. 22. 발효) 제4조, 제15조, 제16조 — https://www.law.go.kr/trtyInfoP.do?trtySeq=1496 (2026-10-26 조회)

• 일본 재무성(MOF), Synthesized Text of the MLI and the Agreement between Japan and Korea for the Avoidance of Double Taxation — https://www.mof.go.jp/tax_policy/summary/international/tax_conventions/ (2026-10-26 조회)

• 일본 소득세법(所得税法, 昭和四十年法律第三十三号) 제2조, 제7조, 제183조 및 시행령 제14조 — https://elaws.e-gov.go.jp/document?lawid=340AC0000000033 (2026-10-26 조회)

• 일본 국세청(NTA), タックスアンサー No.2875(居住者と非居住者の区分), No.2517, No.2884 (令和8年 4월 1일 현재) — https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2875.htm (2026-10-26 조회)

• 일본 국세청(NTA), 법인세 기본통달(法人税基本通達) 제9장 제2절(出向者に対する給与等 9-2-45~47) — https://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kihon/hojin/09/09_02_02.htm (2026-10-26 조회)

• 국가법령정보센터, 「소득세법」 제1조의2, 제57조 및 동법 시행령 제3조, 제16조 — https://www.law.go.kr/법령/소득세법 (2026-10-26 조회)

• 국가법령정보센터, 「국제조세조정에 관한 법률」 제4조, 제7조 — https://www.law.go.kr/법령/국제조세조정에관한법률 (2026-10-26 조회)

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